IS学園
織斑一夏/ヴリトラモン/カイゼルグレイモン（ハイブリッド体・魔竜型/竜戦士型・ヴァリアブル種）
本作の主人公でスピリット回収のために人間世界へとやってくる。ロイヤルナイツとの戦いのおいてデジタルワールドがイーターにより浸食されたことを知ったときはどちら側につくか迷うがリリモンや箒たちのことを考えロイヤルナイツと戦うことを決意する。ロードナイトモン戦においてオメガモンの力を引き継いだオメガモードへと覚醒する。
ブイモン（成長期・小竜型・フリー）
一夏の相棒。イーターによって姉のような存在だったライラモンが死亡したことにショックを受けていたが一夏や箒たちによって立ち直る。自分の力の無さを痛感していたが異世界から来たリナのおかげで吹っ切れ、マグナアルフォースブイドラモンへと進化することに成功した。デュノア社攻略戦ではデュナスモンと激戦を繰り広げる。進化形態はエクスブイモン、エアロブイドラモン、マグナアルフォースブイドラモン。
マグナアルフォースブイドラモン（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
リナとの戦いにおいて進化したブイモンの究極体。アルフォースブイドラモンの鎧部分が金色で一様騎士ではあるがこちらはVブレスレッドで拳を包み込んだ上に威力を上げて相手に打ちつけるという戦法を取っている（ちなみに通常個体同様の剣とかも展開可能）。こちらに進化した理由は過去に一度だけマグナモンにアーマー進化した影響。必殺技はマグナラッシュ。
篠ノ之箒
現在メインヒロイン化しつつあるヒロイン。様々な葛藤を抱えながらも一夏たちと共に戦う。現在はリリモンと友人関係であり一夏をめぐるライバル関係になっている。
アグモン（成長期・恐竜型・ワクチン種）
箒のパートナーデジモン。箒が一夏に好意をよせていることを知っている。進化形態はジオグレイモン、ライズグレイモン、ビクトリーグレイモン。
リリモン（究極体・妖精型・データ種）
一夏に会いにデジタルワールドからやってきた。実際はバンチョーリリモン。実力はかなりあるが実は泣き虫だったところは変わっていない。デジタルワールドではずいぶん年月が過ぎているはずなのだが未だに一夏一筋。
織斑千冬
一夏の姉でクラスの担任。ロイヤルナイツがIS学園を攻めたときはクレニアムモンと互角の勝負をしていた。一度ラウラと共にドイツに向かい、世界各国のIS部隊による「デュノア社総攻撃」に参加するが敵の予想以上の戦力に苦戦、メルヴァモンの援護によって一時撤退する。その後デュノア社攻略戦では一夏の援護に回った。
ジエスモン（究極体・聖騎士型・データ種）
千冬のパートナー。ドゥフトモンとの戦いにおいては時間稼ぎをしていた。
セシリア・オルコット
イギリス代表候補生。ロイヤルナイツによるIS学園攻撃においてメディーバルデュークモンとの戦いで苦戦する。
ピヨモン（成長期・雛鳥型・ワクチン種）
セシリアのパートナー。メンバーの中で唯一究極体に進化できずにいる。進化形態はバードラモン、ガルダモン。
凰鈴音
中国代表候補生。学園での戦闘ではエグザモンに苦戦した。
テリアモン（成長期・獣型・ワクチン種）
鈴のパートナー。エグザモンに敵わなかったのが悔しかったのかデュノア社攻略戦時には究極体に進化してリベンジをした。進化形態はガルゴモン、ラピッドモン、セントガルゴモン。
更識簪
日本代表候補生。IS学園での戦いでは姉である楯無と共にエグザモンに挑み、デュノア社攻略戦においてはパートナーのセラフィモンとの連携でメディーバルデュークモンと渡り合った。
パタモン（成長期・哺乳類型・データ種）
簪のパートナー。メンバーの中で一番成長期に進化したのが遅かったのにもかかわらず、アグモンとガブモンに次いでワープ進化をした。進化形態はエンジェモン、ホーリーエンジェモン、セラフィモン。
シャルロット・デュノア
フランス代表候補生。IS学園での戦いにおいて窮地に追いやられていたが、死んだはずの実母ノエルと再会する。その後、実父マークがドゥフトモンとすり替わっていたことを知る。デュノア社攻略戦においては義母エリザを救出、敵であるはずの致命傷を負ったドゥフトモンを助けようとするなど良心がある。その後はドゥフトモンの体を通じて蘇生した父と再会する。
レナモン（成長期・獣人型・データ種）
シャルロットのパートナー。IS学園襲撃時には昨夜門にまで進化することができたがメディーバルデュークモンとの戦いにおいては苦戦を強いられた。進化形態はキュウビモン、タオモン、サクヤモン。
ラウラ・ボーデヴィッヒ
ドイツ代表候補生。IS学園襲撃後一時ドイツに帰国、デュノア社総攻撃に参加するが一時撤退。以降は自分の部隊である「シュヴァルツェ・ハーゼ」で行動をしていたがルーチェモンとのゲームのため日本に戻る。
ガブモン（成長期・爬虫類型・データ種）
ラウラのパートナー。メンバーの中ではアグモンに次いで究極体に進化できるがイマイチ足を引っ張っているように感じている模様。ラウラの部隊である「シュバルツェ・ハーゼ」の隊員たちからはかなりいじられている。進化形態はメタルガルルモン。
更識楯無
ロシア代表。IS学園襲撃などにおいては生徒を避難を優先し自らが囮になるなど判断力に優れている。パートナーであるブラックウォーグレイモンとブラックメタルガルルモンとは長い付き合いでメンバーの中では彼らと合体するという規格外なことを起こす。
ブラックウォーグレイモン（究極体・竜人型・ウィルス種）
ブラックメタルガルルモン（究極体・サイボーグ型・ウィルス種）
楯無のパートナー。その存在は簪ですら知らなかったが長い付き合いのようで普段から究極体でいられるというメンバーの中でも規格外的な存在。パートナーである楯無の本名を知っているなど双方ともに信頼している。
オメガモンズワルト（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
ブラックウォーグレイモン、ブラックメタルガルルモン、そして楯無がマトリックスエヴォリューションで一心同体になった姿。本作ではオメガモン以外似たタイプのデジモンが登場していないため一夏たちは愚かドゥフトモンからさえもオメガモンと勘違いされた。実力は合体前以上に向上し、楯無の専用機「ミステリアス・レイディ」の単一使用能力も使用できる。楯無と合体しなくても進化可能だがその場合は通常の個体と変わらない。
山田真耶
一夏のクラスの副担任。ケラモンをパートナーにしている（但しデジヴァイスは所持していない）。
ケラモン（成長期・種族不明・不明）
真耶のパートナー。元々は一夏たちに保護したクラモンが進化した個体。真耶からは「ケラちゃん」と呼ばれている。
デュークモン（究極体・聖騎士型・ウィルス種）
旧ロイヤルナイツの一人。ドゥフトモンと対立したために重傷を負わされるが束に保護され治療カプセルの中で昏睡状態で眠っていた。かつて「テイマーズ」で登場したギルモンの成長した姿。元々パートナーデジモンであったこともあり人間を信用している方でかつてのパートナーだった啓人のデジヴァイスを肩身離さず所持している。デュノア社攻略戦の時はテイマーズの最終回以来のクリムゾンモードへとなった。
クレニアムモン（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
旧ロイヤルナイツの一人。最初はドゥフトモン側の方でIS学園を襲撃したが千冬と交戦。千冬を好敵手と認め、一騎打ちをした後に致命傷を負うが千冬のデジヴァイスの収容され完治する。以降はデジヴァイスに籠って登場しなかったがこれは主君であるイグドラシルの命令に背いたと自己嫌悪によるものだった。デュノア社攻略戦の時は千冬への恩としてデジタルシフト発生装置の破壊を自ら行い死亡したかに見えたが頑丈だったこともあり生還する。
轡木十蔵
IS学園の責任者。実は昔ロイヤルナイツのスレイプモンとコンビを組んでいた。現在はコンビを解消しているがその信頼は厚い。所持しているデジヴァイスは本編には登場していないが箒たちのとほぼ同型。
スレイプモン（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
十蔵の元パートナーでロイヤルナイツ。現在でも十蔵達人間を信用しており、イグドラシルからドゥフトモン以前に長期調査に訪れていた。普段はクダモンの姿で十蔵の首に巻き付いている（そのため生徒たちからも単なる手ぬぐいにしか見えなかった）。ロイヤルナイツ内でも行方不明扱いになっており何名かが死んだと思っていた。
ノエル
シャルロットの実母。事故で死んだと思われていたがかつてのパートナーだったアルファモンに助けられ、二年間姿を隠していた。IS学園襲撃時にアルファモンと共に現れ、シャルロットに事の真相を伝える。その後は一夏たちと共に行動し、最終的にマークと再会する。現在は彼のリハビリに付き添っている。
アルファモン（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
ノエルのパートナーでロイヤルナイツ。一度別れを告げたがドゥフトモンの不穏な動きを察知し、彼女を危ないところで救出し、共に行動する。シャルロットのことはノエルから聞いており、初対面であったのにもかかわらず一目でわかっていた。
エリザ・デュノア
シャルロットの義母でノエルの親友。夫であるマークの異変に疑問に思っていたが気が付いたときは既にと気が遅く長い間デュノア社本社に幽閉されていた。かつてのパートナーだったデュナスモンに対しては過去に自分の元を離れた理由がわからず苦悩していた。その後、シャルロットに救出された後はデュナスモンの説得のために同行し、傷ついて倒れたデュナスモンの告白を受け入れ、和解する。ノエルに対してはかなり罪悪感を感じており、彼女が死んだと思ったときはシャルロットがいた時期も声をかけられなかった。
デュナスモン（究極体・聖騎士型・データ種）
エリザの元パートナーで現ロイヤルナイツ。かつてはパートナーであるエリザに恋心を抱くようになったが拒絶されるのが怖く言えずにいた。後に彼が仲間であったマークに恋をしていると知ると傍にいることが耐えられず自分から彼女の元を去った。ロイヤルナイツに入ったのちにかつての仲間だったドゥフトモンと再会、人間に対して憎しみの感情を抱いた彼に戸惑いながらもノエルを事故死に見せかけるように殺そうとしたりなど不本意ながら行った。デュノア社攻略戦の時はデジタルシフト発生装置の守備に回りマグナアルフォースブイドラモンと交戦。重傷を負うがこのときに彼女に自分の気持ちを受け入れてもらえたことで長い間のわだかまりが消えた。
クロエ・クロニクル
束と共に行動していた少女。現在はミレイの指示の下で行動している。
パイルドラモン（完全体・竜人型・フリー）
クロエのパートナー。
ベルスターモン（究極体・魔人型・ウィルス種）
束のパートナー。現在はミレイと共に行動している。
御神楽ミレイ
別の世界の束の友人。「サイバースルゥース」「nextorder」のミレイと同一人物。何らかの経緯で束と知り合ったらしく後に彼女に代わって「吾輩は猫である（まだ名がない）」を指揮している。未知数の可能性を秘めている一夏と箒たちに興味を示している。
マスティモン（究極体・天使型・ワクチン種）
ミレイのパートナーであるエンジェウーモンとレディーデビモン（両個体本編未登場）がジョグレス進化した姿。主に別世界へのゲートを開く役割を持つ。
マーク・デュノア/ドゥフトモン（究極体・聖騎士型・データ種）
シャルロットの実父でエリザの夫。本作ではすでに死亡扱いになっていた。元々、ドゥフトモンはパートナーであり、別れの際に再会を誓い合ったが現実社会に押され、自殺を図り昏睡状態になっていた。ミレイの手術とドゥフトモンの犠牲によりドゥフトモンの体で蘇生に成功する。現在はデジラボでリハビリをしている。
四ノ宮リナ
「デジモンワールド リ:デジタイズ」で登場した少女。ミレイの頼みで一夏たちの世界にパートナーのブイブイと共にやってきた。現在は学園の外で楽しんでいる模様。考案では、彼女にもIS適性があり、彼女の機体も出す予定だった。
ブイブイ/アルフォースブイドラモン（究極体・聖騎士型・ワクチン種）
リナのパートナー。彼女とは違い、デュノア社攻略戦には参加していた。
ベルゼブモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
かつて「テイマーズ」でデュークモンたちと共に戦ったインプモン本人。七大魔王に属していたがルーチェモンのやり方に不信を感じやめる。以前自分に力を与えた四聖獣に預けたパートナーのデジヴァイスを受け取り、「ブラストモード」へと覚醒する。
ジャスティモン（究極体・サイボーグ型・ワクチン種）
「ウィルスバスターズ編」に登場したサイバードラモン本人。ドゥフトモンが開いたゲートから人間界へと来た。
エンジェウーモン（完全体・大天使型・ワクチン種）
ジャスティモン同様「ウィルスバスターズ編」で登場した本人。
シャイングレイモン（究極体・光竜型・ワクチン種）
「ウィルスバスターズ編」のライズグレイモンと同一人物。
ウォーグレイモン（究極体・竜人型・ワクチン種）
「ウィルスバスターズ編」のメタルグレイモン本人。故人。
ガムドラモン（？・小竜型・？）
ウォーグレイモンを兄貴と呼んでいる。
メルヴァモン（究極体・神人型・ウィルス種）
「IS編」終盤に登場した女性型デジモン。千冬へのリベンジのために修行に言っていたがオニスモンに苦戦していた千冬たちを救出に来た。以降はドゥフトモンたちに目を付けられてしまい地下水路で過ごしていた。描写はないがデュノア社攻略作戦後は千冬たちと共にIS学園へと行った。
敵陣営
ロイヤルナイツ
ドゥフトモン（究極体・聖騎士型・データ種）
マークのパートナーデジモン。別れの際に再会を誓ったが人間界で昏睡状態になった彼を見てショックを受ける。デジタルワールドのデジモンの救済のため人間界の人間を全滅させることを計画し、二年前からデュノア社を拠点にデジタルシフト発生装置の開発、かつての仲間であったエリザを幽閉、ノエルを抹殺などで邪魔者を消し、計画を裏で進めていた。デュノア社攻略戦時は膨大なデジタルウェイブからエネルギーを大量に取り込んだ上にエグザモンと強制的にジョグレス進化し「ドゥフトモン ドラゴンモード」へと進化する。
ドゥフトモン ドラゴンモード（超究極体・聖騎士型・データ種）
ドゥフトモンがマークのデジヴァイスを触媒にしてエグザモンと強制的にジョグレス進化した姿。イメージ的にはインペリアルドラモンに近い。技の大半はドゥフトモンとエグザモンの物を合わせたような物。本来ならできないジョグレスだがドゥフトモンが膨大なエネルギーを取り込んだことによって可能にした。こちらもレオパルドモードにモードチェンジ可能だがレオパルドモードももはやインペリアルドラモンとほぼ瓜二つ。デュノア社攻略戦の時曽於圧倒的な力で一夏たちを一気に追い込んだがオメガモンズワルトとデュークモンの参戦によりまさかの長期戦へと強いられ最終的に一夏の一撃で敗北。エグザモンと分離した。このジョグレスは元々不可能に近いものでドゥフトモンがデジタルシフト発生装置を作ったのはこの進化の膨大なエネルギー消費を軽減させるためだった。敗北後はドゥフトモンの姿に戻り一夏に再度挑戦しようとするがメディーバルデュークモンに致命傷を負わされる。最後はミレイの説明でマークを蘇生できるかもしれないということを聞き、自分のメッセージを残した後自分の破損したデジコアを抜き取りマークの記憶をすべて移植したデジコアを移植。自分の体をパートナーに託した。
エグザモン（究極体・聖騎士型・データ種）
ロイヤルナイツの一人で竜型デジモンの王を名乗っている。実力はロイヤルナイツ内で一位二位を争うほどのもので学園での戦いでは鈴たち相手に圧倒的な力を見せた。デュノア社攻略戦時も同様の実力とデジタルシフト発生装置にによる驚異的な再生能力で圧倒したが装置が破壊されたことにより形勢が逆転、ドゥフトモンに問い詰めようと向かうが逆にドゥフトモンに強引にジョグレス進化されてしまう。その後は死亡した模様。
ロードナイトモン（究極体・聖騎士型・ウィルス種）
最初に一夏が交戦したロイヤルナイツ。学園際の時は「岸辺リエ」と名乗って忍び込んでいたが一夏と箒が孤立した際に本性を現し、交戦を始めた。第一戦はドゥフトモンの撤退により手を引いたが翌日に日本襲撃のためにナイトモンの部隊を率いて再び現れる。このときは俊敏なスピードを活かして一夏を追い詰めるがオメガモードに覚醒した瞬間に逆転、細切れにされる。人間界において初の死亡者。
オニスモン（究極体・古代鳥型・ウィルス種）
ロイヤルナイツが復元した古代デジモン。デュナスモンの話によれば古代のデジタルワールドで猛威を振るっていたという。本作で登場した個体はコピーであるためオリジナルには程遠かったそうだが総攻撃に参加した世界各国のIS部隊などの精鋭を撃退した。最後はメルヴァモンの新必殺技「マッドネスメリーゴーランドＤＸ」で倒される。
七大魔王
ルーチェモン フォールダウンモード（完全体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王のリーダー格。同格である他の魔王や部下にも丁寧語で話すなどかなりのカリスマ性を秘めている。元々イーターによる行いも彼が行ったもの。実はアポカリモンの転生した姿で神以上の存在になろうと考えている。
デーモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王。普段はローブを身に纏っている。
リリスモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王唯一の女性型。意外に短気。
バルバモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王。印象が薄い。
リヴァイアモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王。あらゆるものをかみ砕こうとする。
ベルフェモン（究極体・魔王型・ウィルス種）
七大魔王。現在はかわいらしい姿をしているが・・・・・。
メディーバルデュークモン/ダークデュークモン（究極体・戦士型⇒魔王型・データ種⇒ウィルス種）
かつてデュークモンが義兄弟と呼ばれるほど姿がよく似ていた。一時はロイヤルナイツで活動していたが現在は七大魔王の新メンバーとなっている。ダークデュークモンになってからの姿は全身が黒くなり、目が赤く発光している。
メルキューレモン（ハイブリット体・突然変異型・ヴァリアブル種）
「ウィルスバスターズ編」から暗躍をし続けていたデジモン。実はルーチェモンの部下だった。エムと呼ばれている少女を何かに利用しようとしている。
エム/マドカ
束のラボを襲った際に連れてこられていた千冬そっくりの少女。束のラボの自爆に巻き込まれ死亡したと思われていたが現在全身を包帯で巻いた状態で治療されている。束の話によると織斑姉弟と何らかの関係があるらしい。
没キャラ（本編に登場を検討していたが没にしたキャラ。一部は初期設定。）
ナターシャ・ファイルス
アメリカのテスト操縦者で「福音」の操縦をしていた。本編では名前が出ることなく退場したが没案ではデュノア社総攻撃でオニスモンに捕食されてしまう予定だった。
スコール・ミューゼル
こちらもIS編開始時に登場を検討していたキャラ。こちらではパートナーを黒いギルモンにして、過去のトラウマで前線で戦わせることを恐れているという設定があった。没案ではロイヤルナイツと手を組むという案もあった。ちなみにパートナーのギルモンは「テイマーズ」の性格をベースにするはずだった。
オータム
こちらではデビモンをパートナーにする予定もあった。
最終章・・・・・・書けるのか？