同じ用語でもたくさん捏造しています。
思い付きと、文章を書いてて展開の仕方次第で設定を変えたりします。
大まかな設定（たまに書き換えアリ）
2015/04/09 ちょっと書き換え
◇書き始めた発端（？）
もしもエヴァンゲリオンの世界に、セカンドインパクト前に人類ｖｓゴジラ（とその他怪獣）の戦いが行われていたら？
そして『ファイナルウォーズ』の戦いでセカンドインパクト直前ぐらいに南極に封印されていて、セカンドインパクトで南極に生息する生物と同様にＬＣＬ化したものと思われていたが…？
サキエル襲来の時に、死んだと思われていたゴジラが第三新東京に現れる。
その時、人類は、使徒は、そしてゴジラは、どうなるかという思い付きからできたネタです。
ただのゴジラ無双と、オリキャラとオリジナルメカゴジラと地球防衛軍に翻弄される…、むしろ空気扱いなネルフとゼーレの話になるかも。
ゼーレは、まだいいけどネルフが空気かも。
そしてチルドレン達が全然活躍できません。
題名の（仮）は、これでいいのかな？っていう自信のなさです…。
◇エヴァ世界でのゴジラの設定
Wikipediaと手元にある『ファイナルウォーズ』ＤＶＤを基準にしますが、ここでのゴジラは、二代目。（『ファイナルウォーズ』では、一代目が生きてるって設定）
一代目は、水中酸素破壊剤オキシジェンデストロイヤーで死亡している。その骨からメカゴジラ・３式機龍が作られる。
二代目であるゴジラは、長い戦いの末に南極での地球防衛軍との戦いで起こった地震で地割れに落ち、そこを轟天号のミサイルで破壊された氷山の氷と雪で埋められて封印された。ゴジラが封印された区域はエリアＧと地図に記され防衛軍の施設が管理している。
ゴジラが封印されたのが、セカンドインパクトが起こる２０年前ぐらい。
セカンドインパクトにより、ゴジラも南極の消滅と共に死んだものと思われていた。
しかしセカンドインパクトから、約１５年後、使徒サキエルが現れて第三新東京に襲来し、シンジが乗る初号機と相対して初号機がリフトオフする直前に雄叫びと共にゴジラが第三新東京にやってきた。
そしてなぜかサキエルを殺し、初号機まで破壊しようと襲い掛かってきた。間一髪で新型メカゴジラである機龍フィアに阻止されたため初号機とシンジは助かる。
ゴジラを追い払うためゼーレもネルフも知らないところで政府の要請によりゴジラの復活を予期して潜伏していたＧフォース（地球防衛軍の中でゴジラと戦うために作られた専門組織）が総力を集結させてゴジラと戦い追い払うことに成功する。
そしてこの時の戦いでゴジラがセカンドインパクト前より明らかに何倍も強くなってることが判明し、かつエヴァでなければ破れないと定義されていた使徒が展開するＡＴフィールドを紙を破るみたいに破壊してサキエルの腕を簡単にもいだり、ゴジラを前にしてサキエルがビビりまくってたり、とどめに放射熱線で一撃で跡形もなく焼き払ったことなどから大変な事体が起こったと知らしめる。
ゴジラの復活に伴い再結成された地球防衛軍は、ゴジラが現在危惧されているサードインパクト問題に反応していてゴジラはゴジラの考えがあって使徒とエヴァを破壊しようとしているのではないかと判断する。
それが本当であるかのように集中的に第三新東京ばかり襲う。ついでに使徒を殺しまくるし、エヴァがいれば襲う。あとドイツのネルフ支部にも襲撃したりする（アダムと弐号機があるから）。他の開発中のエヴァがあるところにも出没するのでゴジラがエヴァを抹殺対象にしているのは間違いない。
また使徒とエヴァを攻撃するついでに恒例の都市破壊活動もしっかりやるのでゴジラの本来の抹殺対象は人類であることに変わりないらしい。
ゴジラが使徒及びエヴァのＡＴフィールドを簡単に突破、破壊できるのは、ゴジラが怪獣王と呼ばれ、世界を滅ぼすと恐れられるほどの人類への純粋な怒りの感情の権化で、存在そのものがまさにそれであるため心の壁（ＡＴフィールド）なんぞで拒絶できないからである。
主力の攻撃手段である熱線は、かすっただけでエヴァの一部を蒸発させるほどの威力を持つ。もろにくらえば使徒も一撃で燃えカスが辛うじて残る程度まで焼き尽くされる。そのためエヴァでゴジラに対抗するのはほぼ不可能。
ゴジラがセカンドインパクト前より強くなっていることと使徒とエヴァを襲うのは、セカンドインパクトで発生したエネルギーとＬＣＬを取り込んだからである。ＬＣＬから得た記憶でセカンドインパクトの真実を知り人間の愚かしさにますます怒り狂った結果、サードインパクトを起こすための材料である使徒とエヴァとネルフやゼーレを積極的に攻撃するようなったから。
ゴジラがセカンドインパクトで生き残れたのは、ゴジラがあらゆるエネルギーを吸収し自分の力として変化する能力を持っていたからである。
またＧ細胞の作用で浸食型の使徒は、逆にＧ細胞に喰われることになるのでまさに地球最強の怪獣王。
◇身長差（wiki参照）
・ゴジラ １００ｍ
・エヴァ ８０ｍ（その場面場面で大きさが変わるが、新劇場版の大きさを採用しました）
◇地球防衛軍の新兵器と新組織などの用語設定
・４式機龍コードフィア（以下、機龍フィア）
一代目ゴジラの骨を使った３式が自我が芽生えてゴジラと共に海底に沈んだ後に作られた新型のメカゴジラ。
ゴジラの骨を使った３式についてモスラ側（小美人）から苦情があったためゴジラそのものを材料にするのはＮＧになったが、代わりにゴジラの細胞に適合した人間で機龍フィアの生体核で搭乗者となる椎堂（しどう）ツムグの細胞を使うという屁理屈で開発した。
フィアは、ドイツ語で数字の４（Vier）。３式の次につくられたから…という理由でつけた名前です。
セカンドインパクト後、ゴジラの行方が分からなくなった後、あらゆる事体を想定して３式の弱点を補い、かつ戦闘能力や武装も比べ物にならないほど強化されている。
カラーは、銀と赤。
自己修復能力があり、腕などをもがれてもくっつければ直せる。
どれくらい強いかというと、ゴジラのＶＳシリーズで出てきた怪獣全部を一度に相手にして全部を倒せるぐらい。
最大の特徴は、ゴジラの主力攻撃方法である熱線（通常）を受けてもＧ細胞のエネルギー吸収を応用してエネルギー拡散させてほぼノーダメージで防げることである。ただし防げるのはゴジラの通常攻撃である白い熱線だけで、威力を上げたそれ以外の熱線、つまり赤い熱線などは防ぎきれない。またそれ以外のビーム兵器系も無効化できるため使徒のビーム攻撃も無傷でやり過ごせる。
ゴジラ同様に使徒やエヴァのＡＴフィールドを紙を破くみたいに簡単に破壊して使徒を抹殺できる。これは、上記で書いたゴジラがＡＴフィールドを破壊できる理屈が遺伝子レベルで書き込まれているためＧ細胞と人間の融合細胞にも同じことができたからである。
人間の細胞とＧ細胞の完全融合した細胞から作られたためか、３式にあった問題点であった暴走の問題はほぼ完全に解決している。
椎堂ツムグの細胞から作られたため彼が専門パイロットのように思われがちだが、他の者でも操縦可能。
ＤＮＡコンピュータとコードや管で直接繋がったヘルメットと、背骨に沿って操縦席に座った時端子が刺さる部位がある特殊なスーツを纏う。これにより特別な操縦訓練を受けていなくても機龍フィアとまるで一心同体になったように自分の思考で動かすことができる。ダメージのフィードバックはないが、機内の空調や電気系統などが壊れればパイロットの身が危ない。
なおＤＮＡコンピュータやその他ＡＩの自動で動く部分に問題が発生した場合、手動で操縦、各機能を動かせるように操縦桿やスイッチもちゃん搭載されている。ただし手動の場合、椎堂ツムグ以外のパイロットは訓練を受けていないと動かし方が分からない。椎堂ツムグは、ＤＮＡコンピュータの素となるＤＮＡのそもそも提供者であるため問題が発生してもシンクロは解けず、むしろＤＮＡコンピュータに働きかけて破損を修復することができる。またゴジラと同調できることをゴジラ側にも知られているためシンクロによる戦闘はゴジラに攻撃を教えてしまうことになるため、あえて手動操作とシンクロによる操縦を使い分けて不意を打つことでゴジラと戦うことができるようになっている。
椎堂ツムグに操縦させた方が彼の遺伝子から作られたＤＮＡコンピュータとのシンクロ効果から開発した時に想定された能力以上の力で戦うことができる。
七つのリミッターがかけられており、リミッター解除は椎堂ツムグが搭乗者の時のみできる。これは、機龍フィアが対ゴジラ兵器であると同時に実験データを取るための実験機であるためである。
リミッター解除無しでも肉弾戦でゴジラと取っ組み合いができるほどの馬力があるが、この状態だと本気とは言えない。サキエル戦でゴジラが強くなってると分かった時、せめて海に追い返すためにリミッターを１つ解除し相撲の寄り切りのように押し出すほどの馬力を発揮した。
リミッターは、攻撃力、防御力、速度、椎堂ツムグとのシンクロ率の上昇など、リミッターの解除ごとにそれらの能力が上昇していく。
まだ改良・改善の真っ最中であり、１つ以上のリミッターを同時に解除するとＤＮＡコンピュータから逆流した急激なシステム活性化の時の信号で脳が刺激され正気を失いやすい。つまりバーサーカーと化す。またこの一時的な暴走によるメチャクチャで乱暴な操縦のため機体が強制シャットダウンし機能停止に追い込まれてしまうなどの問題が発生するが、改良を重ねてこの問題は解決していく。なお、強制シャットウダウン機能は、３式の暴走事件の教訓から付けられたものである。
全リミッター解除は、Ｇ細胞のエネルギーをフル稼働させるため核暴走を起こしたバーニングゴジラと同じような状態となる。
また完全シンクロとなるため機龍フィアが傷つけばダメージがそのまま椎堂ツムグに反映されてしまうためエネルギー暴走の負担もかかる。まさに最後の奥の手である。
全リミッター解除後の状態が長続きするとかつてメルトダウンで核爆発しそうになったゴジラのように大爆発してしまう。その爆発の威力は、地球防衛軍のスーパーコンピュータの算出では、日本を分断できるほどの威力だと推測されている。
・Ｇ細胞
ゴジラ（ＧＯＤＺＩＬＬＡ）の細胞の略称。
軍隊との戦闘や怪獣との戦闘などでゴジラの体から千切れるなどしたか、メカゴジラなどが持つ近接兵器などで傷つけた時に付着したとか、オキシジェンデストロイヤーで死亡した一代目ゴジラの骨などから採取されたものを指す。
最初のゴジラが出現してから、多くの科学者達が調査・研究することによりゴジラの不死性と放射能物資（またはその他のエネルギー）を捕食する能力が解明され、その素晴らしい能力を利用できないかと、ある者は平和利用のために、ある者は欲望のために利用してきた。
特に個人的な目的でＧ細胞を利用した結果、人工的に怪獣を作ってしまいゴジラを呼び寄せるきっかけになる事件もあり（ビオランテ）、また宇宙から地球侵略に来た宇宙人が地球に適応するためにＧ細胞の情報を入手してゴジラを生け捕りにしてゴジラから直接Ｇ細胞を摘出して取り込んだこともある（ミレニアムの時）。
しかしＧ細胞は、人工的に怪獣が生まれたことからも分かるように、細胞の持ち主であるゴジラに依存しており、それ以外が摂取すると副作用で怪獣になってしまう。ビオランテは、人間と薔薇とＧ細胞から作られたためか人間の意思が宿っていたが、Ｇ細胞を直接摂取した宇宙人（ミレニアム）に至っては知性も理性もぶっ飛んだ狂暴なだけのオルガという怪獣になり、ゴジラに痛めつけられながらゴジラが思わず引くほど不気味な様子でゴジラに接近しゴジラそのものを取り込んでゴジラに変態しようとした。このことから、Ｇ細胞は、Ｇ細胞を求める習性があり、ゴジラがＧ細胞を持つ怪獣のところへ現れるのもその習性によるものと思われる。それが間違いないことを示すようにゴジラの子供であるゴジラ・ジュニアや、同族のミニラがゴジラを追いかけたり、同族と接触するとゴジラの破壊衝動が抑えられるのか海へ引き返す行動が確認されている。
またどういう経緯でそうなったのかは不明だが、宇宙の物質と同化したＧ細胞からスペースゴジラなる怪獣が生まれてゴジラと対決した事件も起こっている。
一代目ゴジラの骨を素体に使っていた３式機龍などは、最初は一代目ゴジラの骨髄幹細胞を使ったＤＮＡコンピュータを搭載していたからか、ゴジラに反応して暴走を起こしエネルギー切れするまで暴れまくったことがある。
現在、怪獣化の副作用がなく、人間の姿のまま意識も理性も保ったまま、Ｇ細胞を遺伝子レベルで取り込むことに成功したのは、椎堂ツムグ、ただ一人である
・Ｇ細胞完全適応者
副作用が強いＧ細胞を取り込み自分のものにできた生物の総称。椎堂ツムグのことを指す場合が多い。
椎堂ツムグは、ゴジラが南極に封印されるずっと前に、ゴジラと怪獣との激闘で破壊された都市の中で発見された生存者だったが、不自然に無傷な状態だったことから検査され、怪獣の攻撃で飛び散ったゴジラ細胞（以下Ｇ細胞）と遺伝子レベルで融合していながら怪獣化することなく人間形態を保っているG細胞の完全適応者であることが発覚した。
その後は、地球防衛軍の研究機関で管理・監視され、有用性の高いＧ細胞を活用するための貴重な検体として扱われていた。地球防衛軍解散後は、国連の管理下におかれつつ、地球防衛軍の人間達にゴジラの生存の預言を出し、Ｇフォースが隠れてゴジラの復活に備えるきっかけを作り、細胞を提供して機龍フィアの開発に協力する。
外見は、十代の終わりぐらいか、二十代前半ぐらいだが、発見されてから４０年以上は経つため実年齢は６０代を越してるらしい。外見に変化がないのは、Ｇ細胞の不死性によるものなのかどうかは謎。本人の記憶が曖昧なため正確には不明。また名前の方も本名ではなく、発見された場所に落ちていた看板や落ちてた物に書かれてた言葉を繋ぎ合わせて急ごしらえで付けられた仮の名前である。親類もおらず、知人も発見されていないことから、被災地で親類も知人も全員死亡したものと思われる。あと身元を割り出せる品も何も発見されなかった。
Ｇ細胞による細胞変異の影響か、赤と金色が混じった独特な髪の色をしている（もとの色は不明）。瞳は黒。
分類するなら、一応は人間。細胞はＧ細胞がツムグの遺伝子に依存するよう変異しているためゴジラの類似品みたいな感じで、Ｇ細胞で変異した怪獣やゴジラの同族とはまるで別物。なのでツムグのところへ来ることがなく、近距離で初めてゴジラに認識されたものの似てるようで全然似てない気色悪い奴としか思われてなかった。機龍フィアに乗り戦ったことで喧嘩相手に昇格する。
精神面は、一応は人間よりだが、ゴジラと共感し過ぎてゴジラの狂暴性と怒りでゴジラと同じ精神になる可能性があり、ゴジラに継ぐ人類の最悪の敵になる可能性を秘めている。そのため体内に監視用のナノマシンや爆発装置などの機器を埋め込まれている。
３式がゴジラを抱えて海底に沈んだ後、対ゴジラ兵器として新たに機龍フィア開発が始まり、その素体に彼の細胞が使われ、ＤＮＡコンピュータも彼の骨髄幹細胞から作られた。
機龍フィアに使用された自分の細胞との共鳴で性能が格段にあがるため、実質機龍フィアの正式パイロットとして戦場を駆る。また彼にしか機龍フィアのリミッターを外すことができない。
機龍フィアを使いこなすために集中してＤＮＡコンピュータとシンクロを行うと、黒い瞳が黄金色に変わる。
Ｇ細胞を持つため、ゴジラの意思（上辺の感情）をなんとなく感じ取って理解したり、感知できる範囲でならゴジラの動きを察知できる。その範囲は、大体日本国内全土ぐらいらしい。
ただし理解できるといってもゴジラの頭の中の内容や深層心理などの深い部分まで理解できず、また分かる部分もゴジラの感情をツグムの思考で翻訳して言葉にしたらたぶんこう？っというもの。
ゴジラの感情を読み取る共感能力は、ゴジラの方にも作用しており共感作用によりゴジラにも伝わってしまっている。このためツムグの細胞から作られたＤＮＡコンピュータのみでの機龍フィアの操縦だとゴジラに思考が筒抜けで一方的にやられるので反射的な反応で思考を伴わない手動操作と交互に使い分けての戦闘になる。
その他に、カイザーである尾崎と互角の戦闘能力と防衛軍の防壁などを手からゴジラの熱線と同じエネルギーを発射して破壊するなどゴジラの攻撃方法を一部使うことができる。またミュータント同様の特殊能力も使うことができるらしく、能力の補助を行うことができる。能力を使用する際に、髪の毛がふわりと浮き、ゴジラが熱線を吐くとき背びれを青白く輝かせるように、ほんのりとだが髪の毛が青白い光を帯びる。
発見されてから現在まで、Ｇ細胞完全適応者の細胞からでも得られるＧ細胞の特徴である超再生能力と放射能を捕食する性質を平和利用する試みが行われているが、ゴジラ同様に細胞が持ち主に依存しているため治療に使うと投与された者は、超健康体になる代償に急激すぎる再生に耐え切れず即死してしまう。ただしゴジラのＧ細胞と違い怪獣化の副作用がなく、再生のために力を使い切り燃え尽きる形で体内に残らないという特性がある。
怪獣並みの生命力がないと耐えられないという研究結果が出ているが…？
・Ｍ機関
『ファイナルウォーズ』より。
特殊能力と常人を越える身体能力を持つミュータント（外見は人間と変わりない）で構成されたエリート戦闘部隊。
ミュータントは、セカンドインパクト後に覚醒した者がほとんどで、生まれた時からを入れると年齢層が若い。（３０～１５歳ぐらい）
様々な乗り物の操縦や運用、怪獣相手に生身でロケットランチャーやメーサー銃などの武器で戦えるほどである。
士官以外は、上下黒のつなぎのジャンプスーツ、黒いブーツとグローブ、透明なプロテクターを背中、胸、手足などにつけたものを身につけている。
対怪獣の戦闘部隊が本業だがゴジラが復活するまでセカンドインパクト後の世界の復興のために高い身体能力と特殊能力を使って尽力する組織として活動しミュータントへの偏見と差別を無くした。ゴジラが復活してからもゴジラがいない時は復興の仕事の方も続けている。（兵士向けじゃない方はこっちを担当）
突出した素質（ミュータントで稀に生まれるカイザーと呼ばれる存在）持つが根が優しい尾崎と、戦いに関しては容赦なしで手段も選ばない風間の二人がＭ機関でもっとも強い者として認知されている。
第三新東京でサキエルを殺した後に初号機に乗っていたシンジがゴジラに襲われた恐怖から精神的に大きなダメージを受けたため、その治療のために保護したのはＭ機関。
ミュータント達の感応能力でシンジを癒すことになる。このためシンジは、地球防衛軍の保護下におかれネルフ（ゲンドウ）から遠ざけられる。
能力が最も高く心優しい尾崎とシンジが仲良くなるのだが、シンジの治療の時にシンジの壊れた心に精神をダイブさせた時、様々な要因が重なってサードインパクトによる人類補完計画のことを暴いてしまう。しかし全部ではない。（首謀者が誰なのかは分かってない）
・ミュータント
『ファイナルウォーズ』より。※原作と違いミュータントの出自などが異なります。
セカンドインパクト後に世界各地で確認されるようになった特殊な能力と優れた身体能力を持った新人類。
最年長は３０代前後と若年ばかりで、しかもセカンドインパクト間もなく後天的にミュータントになった者（１５歳ぐらいの時）と、生まれた時からミュータント（１５歳前後）に分かれる。
彼らのような存在が生まれるようなったことについては、セカンドインパクトによる大災害を生き延びようとする生存本能が人類の潜在能力を引き出したという説が一般的に広まっている。またミュータントの出生率が高い地域は、セカンドインパクトで特に被害が酷く復興も進んでいない場所であることが多いのでこの説は概ねあっているようである。
ミュータントの中に、特に強力な突然変異した個体である“カイザー”が数百万分の一の確率で生まれる。現在発見された“カイザー”は、尾崎だけである。
ミュータントに関する法的なことはＭ機関がすべて管理しており、一般人との婚姻は法律上認められているのだが、今のところミュータントと一般人が結ばれたというニュースはなく、また間に生まれた子供もいない。
椎堂ツムグ曰く、ミュータントは、人類補完計画による人為的進化の後の進化した人間と同じであるらしい。
・ネオＧフォース
地球防衛軍のゴジラ専門の戦闘組織。
ＧフォースにＭ機関と機龍フィアを入れて新しく生まれ変わったのでネオの言葉を追加された。
地球防衛軍解散後は、Ｇ細胞完全適応者の椎堂ツムグの預言を信じてゴジラの復活を警戒した当時の地球防衛軍のトップ達がＧフォースを潜伏させ、対怪獣用兵器の整備と機龍フィアの開発をさせていた。
またＭ機関のミュータント達の戦闘訓練の方も担当し、尾崎達ミュータント部隊を育て上げた。
万能戦艦・轟天号を中心とする対怪獣用の強力な戦艦を保有しており、水陸空、あらゆる場所で戦い、輸送が可能である。
◇地球防衛軍とネルフとゼーレ
ゴジラやその他怪獣が暴れていた時代に人類が人種やあらゆる壁を越えて手を取り合って結成されたのが地球防衛軍。
地球防衛軍の設立は、ゼーレの意思ではなく当時の人々が勝手にやったことで、ゼーレは地球防衛軍の存在を疎んでいたが怪獣対策のために目をつぶっていた。
地球防衛軍は、ゼーレの手を必要とせず、ゴジラと戦い、ゴジラが封印されてからも世界各地で怪獣を相手に戦っていた。
セカンドインパクトにより約２０億人が死亡し、災害や環境と生態系の激変に対応するのに追われ、怪獣達もいなくなり、ゴジラが封印されていた南極が消滅したことから存在意義が疑問視され解散された。（裏でゼーレが関与）
実際は、ゴジラの不死性を警戒してＧフォースが残り兵器開発やＭ機関を設置して、セカンドインパクト後から世界各地で確認されるようになったミュータントを受け入れる窓口を作るなどしていた。
Ｇフォースの存在は、ゼーレも知らず、地球防衛軍の解散と同時になくなったものと思われていた。またＭ機関もセカンドインパクトの影響で発生した超人達（ミュータント）への差別や偏見をなくすためのミュータント専門の組織だとしか認識しておらず、まさかエリート戦闘集団だったとはまったく知らなかった。
そのため第三新東京でゴジラが現れ、サキエルを殺したあげく初号機を破壊しようとしたことや、初号機を守ったのが新兵器の機龍フィアとＧフォースの兵器とＭ機関の精鋭達であったことから人類補完計画どころの話じゃない非情事体だと大混乱する羽目になる。
さらに地球防衛軍の存在を疎ましく思っていたゼーレがセカンドインパクト後に上記の理由をつけて解散させたのに、勝手に再結成され、しかもゼーレを切り捨てる形で独立してしまう。これはゼーレが解散前の地球防衛軍の活動に手を出さなかったことが大きい。
国連あらため地球防衛軍という隠れ蓑を失いながら、どーにかこうにか人類補完をやろうと頑張るけど、ゴジラがすべてクラッシュしていくので意味がない…。使徒ぶっ殺すは、エヴァを壊すわ……、ネルフの地下に隠してるリリスやアダムを狙って支部を襲って来るわでゴジラに襲われる要素満載だからネルフどころかゼーレの存続も危ぶまれる羽目になる。
ゲンドウ側も頑張るけど、初出撃でいきなりゴジラに襲われて完全に戦意喪失してしまったシンジを地球防衛軍の医療機関が保護したうえに、初号機を覚醒させようにも使徒を一撃で葬れるほど強いゴジラがエヴァを襲って来るのでいつ破壊されてしまうか分からず冷や冷やする羽目に…。
またゲンドウが地球防衛軍の司令官・波川となんかトラブルを起こしたせいで、地球防衛軍のネルフの扱いは酷い。
なのでエヴァが使徒と同様にゴジラが積極的に攻撃する対象となっているためネルフがゴジラ戦のための餌として利用されることになったりする。
もちろんネルフ本部の地下にリリスがいることとか、綾波レイのクローンが大量にあるとかもあるので地球防衛軍の自由にさせたくないから必死に抵抗するわけですが…、こっちのことなどお構いなしで使徒とゴジラが来るから意味がない！
あとエヴァの製作費用と維持費が馬鹿みたいに高いのでエヴァがゴジラに対抗できないどころかゴジラを呼び寄せる原因にもなってるためエヴァの開発と稼働事体が凍結。エヴァとネルフ関連に回されていた資金は復活したゴジラ対策のための費用になる。
◇ゴジラと使徒
南極消滅の際には、G細胞の不死性と強大な意志力によりアンチATフィールドを跳ねのけ、セカンドインパクトで発生したエネルギーと南極を赤く染めるＬＣＬを取り込み、核実験以上の人間の愚行を知ったゴジラは、更に強くなり人類への怒りを大きくして再び蘇ることとなった。
ゴジラがいかにして人類補完計画などの知識を得たかと言うと。
南極があった海のＬＣＬに溶けているのは南極の生物だけじゃなく、セカンドインパクトの発生原因を起こした者達の仲間もいたためＬＣＬにその人物らの知識と記憶が溶けており、このＬＣＬを飲んだゴジラは、人類補完計画（サードインパクト）を起こそうとする人間達の存在とセカンドインパクトという人為的大災害を発生させたエネルギーの発生源である使徒アダムのことを知ります。
ゴジラがセカンドインパクトを生き延び南極の海のＬＣＬから得た情報でセカンドインパクトの真実を知っていることと、サードインパクトの発生条件を知っているため、人類よりも使徒（とエヴァ）を滅ぼすことに固執するようなった。
魂に刻まれたアダムの記憶からアダム系統の使徒は、ゴジラを恐れる。白い月の中にいたアダムも、南極に封印されて眠っていたゴジラの怒りを感じ取って恐怖していたということである。
ゴジラのＧ細胞の作用もあり、浸食型使徒もゴジラには勝てない。逆に食われる。
使徒が第三新東京にまず来ようとするがゴジラの気配を察知すると逃げようとする動きを見せるが、逃げることは絶対にできない。逃げたとしてもどこまでも追いかけてぶっ殺される。
確かに使徒は、地球上のあらゆる生物を産んだ起源であるが、第１８使徒リリン（人類）の愚かな罪を、その罪から生まれた怪獣王ゴジラは決して許さない。
そしてゴジラは、地球上の生物全てをＬＣＬに代えてしまうサードインパクトが起こることも良しとしない。
それはゴジラが怪獣王である以前にひとつの生物としての生存本能からだった。ゴジラならサードインパクトでも生き残りそうではあるが…。
ゴジラは、ゴジラの理由でサードインパクトを阻止するべく人類と使徒（とエヴァ）を破壊する。
◇ゴジラ対エヴァンゲリオンに至るまで
題名のこれですが、実際にゴジラとエヴァンゲリオンが対決するのは、最後の方になる予定です。
物語の途中で弐号機などが戦いを挑みますが戦いにすらならない瞬殺で終わりますので対決ではありません。
初号機に独自の意思があり、それが尾崎（『ファイナルウォーズ』の主人公）を気に入ったのが伏線になり、最後に実現されるゴジラ対エヴァンゲリオンとなります。
つまりラスボスは、初号機となります。
ネタばれですよね？ でもどうやって対決までに至るのか、どうやって決着をつけるのかを見所にしたいのであえてここにラスボスのことを記しました。
最大級のネタバレになってますが、どういう形で決着をつけるかは、別です。