カロス地方、そこは人とポケモンが住む土地、この地方はマサラタウンのサトシがカントー、ジョウト、ホウエン、シンオウ、イッシュに続き旅をする新たな地方。
サトシはカロスの大都市ミアレシティに来ていた。
実はミアレシティは２回目なのだ。
1度目は飛行機でカントーからこの街にやって来た時である。
サトシはジム巡りをするためにカロス地方に来ており、このミアレシティのプリズムタワーにあるミアレジムに行ったのだが何故か取り合ってもらえずプリズムタワーから投げ出されてしまった。
その時に危ない所をシトロンとユリーカという兄弟に助けてもらったのだ。
兄のシトロンはホルビーというポケモンを連れていて試しにサトシとバトルをしてみたのである。
しかし、バトルの途中にロケット団が襲撃してきて傷ついたケロマツを助けるためにミアレシティに研究所を設けるプラターヌ博士の所に助けを求めた。
それから少ししてから再びロケット団の襲撃により研究所のカブリアスが暴走しプリズムタワーの上で暴れだしてしまったのだ。
サトシはカブリアスを助けた後にプリズムタワーから落ちそうになったピカチュウを助けるために自身も飛び降り絶体絶命となるもメガバシャーモに助けらたのである。
その後、シトロンとユリーカはサトシと一緒に旅をすることになりユリーカはその道中に将来のキープということで兄のシトロンにデデンネをゲットしてもらった。
そして、昔、マサラタウンのオーキド博士のサマーキャンプでサトシと面識のある少女、セレナを加えて4人で旅をすることになったのだった。
しかし、ミアレシティでなんとシトロンがミアレシティのジムリーダーだったことが判明したのだ。
シトロンは自身の発明した『シトロイド』というロボットのプログラムミスでジムを乗っ取られてしまったらしく、シトロンはサトシの協力でプリズムタワーに乗り込み激闘の末にジムを取り戻すことに成功したのである。
そして、シトロンはシトロイドのプログラムを正常に再プログラムし直すとシトロイドにジムを任せてシトロンはそのままサトシたちと旅に出ることになった。
ミアレシティを去る前にミアレシティに研究所を構えるプラターヌ博士に挨拶をしに行きここでもロケット団に襲撃されるがサトシたちはどうにか撃退し、そこでハリマロンと心を通わせたシトロンはハリマロンを一緒に旅に連れて行くことになったのだった。
そして、今、サトシたちは次の町へ向かうためにミアレシティを出ようとしていたのだ。
「よっし、次の町へ行くぞ!!」
『ピッカッチュ』
「サトシ、気合い入ってるわね」
「さすがですね」
「そんなことないぜ!!」
『ピカピカ』
「お兄ちゃんもサトシみたいに気合い入れて発明しないとね、いつもすぐに爆発するし」
『デネデネ～』
「もう、ユリーカ!!余計です」
その時
「何あれ!?」
『デネ～』
ユリーカは空を興味津々に指差していた。
「えっ!?」
『ピカピカ!?』
サトシはユリーカの指差す空を見るとそこには巨大なドラゴンがいたのである。
「ポケモンかな？」
『ピカピカ』
サトシは目を輝かせながらポケモン図鑑をそのドラゴンに向けた。
しかし、
『データナシ』
ポケモン図鑑が認識しなかったのだ。
「データなしだってピカチュウ!!」
『ピカピカ!!』
「それってつまり」
「セレナ、新種かもよ!!」
「すごい……」
「お兄ちゃん、ゲットしよう」
『デデンネ!!』
「ユリーカ、そんなどうやって!?」
その時
『カロス地方に住む生き物たちよ、我が名はケフェウス・ドラゴン!!』
「喋ったわ」
セレナは喋れるポケモン（もちろん、ロケット団のニャースを除けば）を初めて見たので驚愕していた。
「こいつも喋れるのか？」
『ピカピカ』
…俺は今までに喋れるポケモンに何回か会ったことがある、アーシア島で会ったルギアとか、来ないだのゲノセクトやミュウツー、でも、あいつらと違ってテレパシーじゃないよな、こいつ…
『私はこれからこの地方を電波変換し吸収する、我が電波の体が完全な物となるエネルギーとなるのだ、光栄に思うがいい!!』
「お兄ちゃん、あのポケモン何を言ってるの？」
『デデンネ～』
「意味がわからない、吸収って……」
その時
『電波変換!!』
ケフェウス・ドラゴンの電波変換と言う言葉と共に口から光線が放たれ触れた場所が火花のように消えていったのだった。
「うわぁぁ!!なんですかこれは!?」
「どうしよう、お兄ちゃん……」
『デネデネ……』
「よくわからないけど、みんな逃げようぜ!!」
『ピカピカ!!』
サトシたちは意味が分からないがここにいてはまずいと思い迫りくる光線から逃げたのだ。
その光線が触れ消えた場所から周囲に広がるように消滅し始めていたのである。
そして、逃げ遅れて人やポケモンがどんどん消えていきその衝撃な出来事にミアレシティはパニック状態に陥っていた。
サトシたちは何とか逃げ続け空港に入ったのだ。
「どうなってんだ……ピカチュウ」
『ピカピカ』
その時
「セレナ危ない!!」
空港の天井が光線により破壊されその光線がそのままセレナの方に向かってきたのである。
「きゃぁぁぁ!!」
サトシは飛び出して間一髪でセレナと一緒に光線をよけた。
「ありがとう、サトシ……」
「セレナ、怪我はないか？」
「うん」
しかし、今度はシトロンとユリーカに消滅が広がっていったのだ。
「シトロン、ユリーカ!!」
『ピカピカァァ!!』
すぐに２人の元に消滅が広がりがそのまま２人は跡形もなく消えてしまったのであった。
「シトロン、ユリーカ、そんなっ……」
『ピカピカ……』
そして、先程の消滅がサトシとセレナの方にまで広がり始めたのである。
「サトシ、広がってきた!!」
『ピカピ!!』
…シトロン、ユリーカ、俺は２人は助けたい……でも、助ける方法がわからない……でも、それよりも今はセレナを守るのが先決だ!!…
サトシはセレナを連れて空港の奥へと進んだ。
しかし、空港の奥に着く頃にはセレナの体は震え始めていたのだ。
「サトシ……私………恐い……どうなっちゃうの……」
セレナは恐怖心で震えがどんどん強くなっていたのである。
「大丈夫だ、助かる!!シトロンやユリーカも必ず助け出すぜ」
『ピカピカ!!』
サトシはセレナの肩に手を置き少しでもセレナの不安を和らげようとするもサトシの顔にも不安の表情があった。
そして、既に消滅が広がっておりサトシたちが消滅するのも時間の問題だった。
その時
サトシとセレナを追い詰めるのかのように光線が空港の天井を再び突き破りサトシとセレナの真横を横切ったのだ。
「きゃゃぁぁぁぁ!!」
セレナはサトシにしがみ付き硬直し動けなくなってしまったのである。
しかし、そんな２人に消滅は広がってきていた。
「セレナ、諦めるなっ!!」
『ピカピ、ピカカ!!』
サトシとセレナは何も考えることができずに空港の滑走路まで出てきたがそこも殆ど消滅させられていたのだった。
「もうだめ……助からない……………ママ……会いたい……」
「セレナ……」
『ピカカ……』
そして、サトシとセレナの周囲に消滅が広がり迫ってきたのだ。
「ピカチュウ、10万ボルト!!」
『ピカッチュー!!』
ピカチュウが10万ボルトを放つも全く歯が立たずに10万ボルトは消滅してしまったのである。
『ピカピ……』
「ピカチュウ……」
…もう駄目だ…
その時
「サトシィィィ!!」
「!!」
上空にヘリコプターが1機来ておりそのヘリコプターにはオーキド博士が乗っていた。
「オーキド博士、どうしてここに!?」
『ピカピカ!?』
「話は後じゃ、とにかくこれに捕まるんじゃ!!」
ヘリコプターが少し地面に近付きロープの梯子を垂らしてきたのだ。
「さぁ、セレナ早くこれに捕まって」
『ピカカ!!』
サトシとセレナはどうにかロープの梯子に掴まりヘリコプターに乗り込めたのだった。
そして、すぐにヘリコプターは上昇したのである。
しかし、
『逃がさんぞ、大人しく吸収されろっ!!』
ケフェウス・ドラゴンがヘリコプターを追いかけ光線をを放った。
「オーキド博士!!」
『ピカピカ!!』
「サトシ、捕まるのじゃ!!」
ヘリコプターは大きく旋回し光線を避けてカロス地方から脱出することに成功したのであった。
『逃がしたか、まぁいい、いずれこの世界は吸収される運命だ』
「カロス地方が……」
『ピカピ』
サトシはヘリコプターからミアレシティの消滅が広がり消えて行くカロス地方を見ていたのだ。
「このままじゃカロス地方が……」
『ピカピカ……』
…あそこにいる人々やポケモン、プラターヌ博士やパンジーさんにビオラさん、セレナのママはどうなってしまうんだろう……いや、確実に消えて……
「……オーキド博士そういえばどうしてここに？」
『ピカピカ』
「実はの、既にあのケフェウス・ドラゴンというポケモンがホウエン地方を同じ方法で消滅させてしまったんじゃ」
「ホウエン地方が!?」
『ピカピカ!?』
…ホウエン地方が……………………ハルカやマサトにホウエン地方で出会った人々は無事なのだろうか…
「それでの、ケフェウス・ドラゴンがカロス地方の方に向かったものじゃから大慌てで昔、世話になった報道関係の友人にヘリコプターを用意してもらったという訳じゃ」
「おかけで助かったよ」
『ピカピカ』
「なんのなんの気にすることじゃない」
サトシは近くでうずくまっていたセレナに声をかけたのである。
「セレナ、大丈夫か？」
『ピカカ』
「……ママ、シトロン、ユリーカ……」
サトシはセレナの背中に手を置いてゆっくりと擦った。
今、これがサトシに出きる最善のことだった。
どうすることも出来なくなったセレナは涙を流しながらサトシの顔を見たのだ。
「もう……私……サトシしか頼る人がいなくなっちゃった……」
「セレナ……」
『ピカカ……』
そして、ヘリコプターは数時間かけてカントー地方、マサラタウンに到着したのだった。
「ただいま……」
『ピカピカ』
「サトシ!!無事で良かったわ」
サトシはマサラタウンの自分の家に入るとすぐにバリヤードとサトシのママが出迎えくれたのである。
サトシは『ただいま、ママ』と言いたかったがセレナを気遣ってママとは言えなかった。
今日はセレナはサトシの家に泊まることになったのだ。
「セレナちゃんはサトシの部屋にするわね」
「どうして？」
『ピカピカ』
サトシのママはセレナの布団をサトシの部屋にひいていたのである。
「セレナちゃんは心にダメージを受けたわ、きっと、何よりもサトシのことを頼りにしてるはずよ……だから、そばにいてあげなさい」
サトシのママは小声でそうサトシに告げた。
サトシはヘリコプターでセレナに言われた一声を思い出したのだ。
『もう……私……サトシしか頼る人がいなくなっちゃった……』
「わかったよ……ママ」
サトシは同じ小声でそう答えたのであった。
サトシは部屋にセレナと入るとベットを譲り、床に敷かれた布団に入ったのである。
「ありがとう………サトシ」
「……セレナ、絶対に助けてやる」
『ピカピ？』
「サトシ？」
「俺はシトロンやユリーカにセレナのママ、カロス地方やホウエン地方の人々を絶対に助けてやるぜ!!」
「サトシ……」
「だから安心してもう寝ろよ……なっ、ピカチュウ」
『ピカピ!!』
「ありがとう、サトシ、ピカチュウ」
そして、サトシはセレナがちゃんと眠りに着くのを確認すると自分も寝ようと布団をかぶった。
…強気なことを言ったけど、これからどうすればいいのかな…
サトシはそんな不安を感じならが無理やり眠り眠ったのだった。
遂にポケットモンスター登場です、アニメポケットモンスターXYの途中からこの物語に巻き込まれていく設定です…そしてそろそろ流星のロックマンとポケモンがクロスします