地球連合軍のオーブ首長国侵攻でウズミが自らの犠牲で脱出したアークエンジェルは、日本へ到着した。
日本
首都防衛基地
格納庫
カガリ「うっ、うぅぅっ。」
キラ「・・・・。」
泣いてるカガリを優しく慰めるキラ。
アスラン「・・・・。」
ハーノイン「まさかお前が生きていたとはな。」
ヒルダ「偶然だな。」
アスラン「ああ。」
ロザリー「あたしらは今共和国と一緒にいるんだな。」
ディアッカ「そうだな。俺らは今一緒にいるんだな。」
偶然アスランと再会したディアッカ達は、自分達は今ヘリック共和国と一緒にいる事だった。
ロックオン「ザフトのパイロットも仲間同士再会してるな。」
ティエリア「彼らは今となっては仲間だ。サーペントテイルも我々のところに加わったようだ。これから今後どう動いていくか。」
ロックオン「ああ。戦いはもうじき最終局面に向かってるようだ。」
ザフトのアスラン、ディアッカ、ハーノイン、ヒルダ、ロザリーら、サーペントテイルが仲間に加わり、今後、戦いが最終局面へと向かい、ヘリック共和国軍、地球連合軍、ザフト軍、宇宙人同盟は最後の戦いが始まろうとした。一方、久々に日本へ戻った凱と護とみことの３人は、スローネに破壊されたアッシュフォード学園に訪れていた。
アッシュフォード学園
凱「・・・・。」
命「アッシュフォード学園の事、まだ気にしてたんだ。」
凱「ああ。」
原種の襲撃の間にアッシュフォード学園がスローネの襲撃により、ニーナやシャーリーや大勢の生徒が死に、ミレイとリヴァルと沙慈から恨まれ、今もその苦悩に囚われている凱。３人の前にミレイとリヴァルと沙慈がやって来た。
凱「！！」
ミレイ、リヴァル、沙慈「！！」
護「ミレイさん、リヴァルさん、沙慈さん。」
ミレイ「お前がここに帰って来たとはね。」
凱「・・・・。」
リヴァル「何でニーナを救わなかったんだ。」
沙慈「お前のせいでルイスは左手を失ったんだ。」
凱「・・・・。」
ミレイ「ねぇ何か言ってよ！！お前のせいで失ったんだろ！！」
リヴァル「おい、何か言えよ！！」
沙慈「お前のせいで全部こうなったんだろ、言えよ！！」
凱「・・・・。」
護「やめて、凱兄ちゃんは悪くないよ！！あの時は・・・・。」
リヴァル「お前はこいつの擁護してるのか？！」
沙慈「こいつが来なかったせいでめちゃくちゃだ！！」
命「凱がどれだけ必死で戦って来たのかあなた達は何もわかってないわ！！凱を責めないで！！」
原種の襲撃で凱が戦っている間、スローネに学園を襲撃された事で激しく責めるミレイ、リヴァル、沙慈と彼を擁護する護と命。
凱「もういいんだ。」
命「凱。」
凱「俺のせいなんだ。」
ミレイ「そうやってお前はいつも逃げているね、軟弱者！！」
リヴァル「何が勇者だ、軟弱者！！」
沙慈「お前なんかここから消え去れ！！」
凱「・・・・。」
ミレイ、リヴァル、沙慈の３人に恨まれる凱は、結局何も言えずに立ち去っていった。
リヴァル「俺はあいつが憎い。ニーナを救わなかったあいつが憎い・・・・。」
？？？「その願い、私が叶えてやろうか。」
ミレイ、リヴァル、沙慈「？！」
憎しみに囚われたミレイ、リヴァル、沙慈の前に現れたのは、何と腕原種だった。
首都防衛基地
メインルーム
凱「・・・・。」
命「まだ気にかけているのね。」
凱「ああ、みんな俺のせいでミレイやリヴァルや沙慈からずっと恨まれている。俺があの時弱かったせいでこうなってしまったんだ。」
護「凱兄ちゃん。」
凱「護。」
護「本当にそれでいいの？三人の事を。」
凱「・・・・。」
護「凱兄ちゃんは、恨まれ続けられていいの？」
凱「俺は・・・・。」
護の呼びかけでミレイ、リヴァル、沙慈に恨まれ続けられていいのかと問われ、凱は原種の襲撃でアッシュフォード学園を救えなかった事をちゃんと答え出そうとするが、その時、警報が鳴った。
命「凱、ゾンダー反応よ！！」
凱「ゾンダーか！！」
護「すぐに行こう。」
凱「ああ。」
ゾンダーの出現にすぐに仲間達と共に出現する凱。東京の市街地に現れたゾンダーロボは、ＥＩーＥＸは、ケルベロスのような姿をしていた。
ゾンダー人間１「ゾンダー！！」
口から光線を放って東京の市街地を破壊するＥＩーＥＸ。
凱「ドリルニー！！」
空中からスターガオガイガー、フリーダム、ジャスティス、ゴルディーマーグ、ウルトラマンゼロが現れて、ＥＩーＥＸにスターガオガイガーが先手を取ってドリルニーで打ち込んだ。
アスラン「何だあれは？」
凱「あれはゾンダーロボだ。人の心の弱さを利用して誕生してるんだ。」
アスラン「そんな事があるのか？！」
凱「ああ。」
ウルトラマンゼロ「早速来たぞ！！」
ＥＩーＥＸが早速襲いかかり始め、それに応じて一同は迎撃を開始する。
凱「プラズマホールド！！」
ウルトラマンゼロ「エメリウムスラッシュ！！」
遠距離から攻撃をしてＥＩーＥＸにダメージを与えたが、ＥＩーＥＸはジャンプして、スターガオガイガーの元に飛び込んで来た。
凱「？！」
ゾンダー人間１「ゾンダぁぁぁぁぁぁぁぁー！！」
スターガオガイガーを見て急に豹変したＥＩーＥＸが、まるで憎しみを表すような表情だ。
凱「？！」
ゾンダー人間（リヴァル）１「憎い、お前が憎い・・・・。」
凱「！！」
ＥＩーＥＸの核となったのは、何とミレイとリヴァルと沙慈だった。
凱「ミレイ、リヴァル、沙慈・・・・！！」
ウルトラマンゼロ（刹那）「知ってるのか？」
護「３人は凱兄ちゃんの知り合いだよ、何で３人がゾンダー人間に・・・・。」
ＥＩーＥＸの核となったのが、ミレイ、リヴァル、沙慈だと知って驚愕した凱と護は、手を出す事が出来ずにいた。
凱「ミレイ、リヴァル、沙慈。」
ゾンダリアン（ミレイ）２「お前だけは許さない・・・・！！」
ゾンダリアン（沙慈）３「ルイスやみんなを守らなかったお前だけ許さない・・・・！！」
凱への激しい憎しみを彼のスターガオガイガーに思いっきり爪で引っ掻きながらぶつけるＥＩーＥＸ。
凱「やめてくれ、３人とも！！俺はお前達と戦いたくない！！やめてくれ！！」
自分のせいでアッシュフォード学園を救えなかった事でゾンダー人間となったミレイ、リヴァル、沙慈と戦う事が出来ない凱。あの時、自分に力があれば原種を倒してニーナやシャーリーや学園の生徒は救えていた。
ゾンダー人間（ミレイ）２「学園を守らなかった裏切り者！！」
ゾンダー人間（リヴァル）１「ニーナだってキスだってしたかった、お前が来なかったせいでニーナはもう死んだ！！もう二度と出来なくなった！！」
ゾンダー人間（沙慈）３「ルイスにはめる指輪を、左手を失ったせいでもう二度とはめれなくなったんだ！！お前のせいでこうなったんだよ！！」
学園を守らなかった凱を激しく責め、リヴァルはニーナとキスを交わすのが、彼女が死んでしまって二度と交わす事が出来なくなり、沙慈はルイスのために買った指輪を２人で一緒にはめようとしたのが、彼女が左手を失って二度とはめる事が出来なくなり、その怒りを凱にぶつけた。
キラ、アスラン「！！」
ＥＩーＥＸの表意にキラとアスランは、憎しみに囚われている事を感じて、接近する。
凱「キラ、アスラン！！」
アスラン「獅子王凱、お前も仲割れになったその３人と仲を取り戻したいはずだろ！！」
凱「！！」
キラ「あなただって今も彼らの事を想っているはずです！！もう一度彼らと話してみてください！！」
アスラン「お前はそれでいいのか？！お前もその３人と解り合えたいだろ！！」
凱「・・・・。」
キラ「凱さん！！」
凱「キラとアスランの仲を戻せたんなら俺だってミレイやリヴァルや沙慈との仲を戻せる。」
キラとアスランの励ましの言葉で、２人が対立して、再び仲を取り戻せたように自分もミレイやリヴァルや沙慈との仲を修復するため、ＥＩーＥＸ人対話をし始めた。
凱「ミレイ、リヴァル、沙慈！！」
ゾンダー人間（リヴァル）１、ゾンダー人間（ミレイ）、ゾンダー人間（沙慈）３「！！」
凱「すまなかった！！君達の学園が破壊されて、ニーナやシャーリーやルイスや他の生徒を守れず犠牲になった事は申し訳なかった。全部俺のせいで、救えなかった事に本当にすまなかった。」
原種の襲来の間にスローネが現れて学園を破壊された事で、ニーナやシャーリーや大勢の生徒が死に、ルイスは左手を失い、自分が助けに行けなかった事を謝る凱。
ゾンダー人間（リヴァル）１「黙れ、今更謝ったって俺らはお前を許さない！！」
ゾンダー人間（ミレイ）２「お前が助けに来てさえいればこんな事は起きなかった。」
凱「ああ。俺が助けに来なかったせいでシャーリー達は死んでしまった。あの時俺が弱かったせいで原種に敗れていけなかった。」
ゾンダー人間（沙慈）３「あの時って何だよ、お前は勇者だろ！！勇者なら勝てたはずだろ！！」
凱「・・・・。」
ゾンダー人間（ミレイ）２「やはりお前は死ねぇ！！」
凱が謝罪してもそれでも彼を許さず、襲いかかろうとするＥＩーＥＸ。
ウルトラマンゼロ「やめろぉぉぉぉぉぉー！！」
その時、ウルトラマンゼロが介入して憎しみに囚われた３人のＥＩーＥＸにゼロスラッガーで切り刻んだ。
ウルトラマンゼロ「これ以上憎んだって何も意味ねぇんだよ！！逆に憎しみを生むだけだ！！」
ウルトラマンゼロ（刹那）「お前達３人の憎しみを俺とゼロが断つ！！」
ゾンダー人間（ミレイ）２「黙れぇぇぇぇぇぇぇー！！」
３人の憎しみを断とうとする刹那とウルトラマンゼロ。だが、ウルトラマンゼロに切り刻まれたＥＩーＥＸの身体が再生し、３つの頭の口から光線を放った。
一同「ぐぅ！！」
ＥＩーＥＸの光線を喰らった一同。
ゾルダートＪ「私が相手だ！！」
暴走したＥＩーＥＸの前に空からキングジェイダーが現れてパンチをぶち込んだ。
凱「お前はゾルダートＪ！！」
ゾルダートＪ「久しぶりだな、獅子王凱。」
戒道「Ｊ、あの３人を助けて。」
ゾルダートＪ「お前の知り合いを助けるのも私の役目だ。」
戒道のため、ＥＩーＥＸの核にされたミレイ、リヴァル、沙慈を救うため、ゾルダートＪが立ち上がり、彼の乗るキングジェイダーが巨大なパンチを繰り出して、ＥＩーＥＸに打ち込んだ。
ゾンダー人間（ミレイ）２「うおおおおおおー！！」
ＥＩーＥＸが走って駆けながらキングジェイダーに飛びかかってきた。
ゾルダートＪ「来たか！！」
飛びかかって来たＥＩーＥＸにキングジェイダーが右腕にある錨型武器をチャージして必殺技を発動する。
ゾルダートＪ「ジェイクォース！！」
錨型武器から火の鳥を放ち、ＥＩーＥＸに直撃して撃破した。倒したＥＩーＥＸから３つのゾンダー核が出現した。
ゾルダートＪ「アルマ。」
凱「護。」
戒道「任せて。」
護「行くよ。」
浄化モードになった護と戒道は、３つのゾンダー核の浄化を行った。
護「クーラティオー！！テネリタース セクティオー サルース コクトゥーラ！！」
戒道「テンペルム！！ムンドゥース インフィニ トゥーム レディーレ！！」
３つのゾンダー核を浄化し、元のミレイ、リヴァル、沙慈へと戻り、３人は浄化され元に戻った事で、涙を流した。
凱「これでやっと終わったな。」
護「浄化した事であの３人も元に戻ったよ。」
戒道「喜ぶのまだ早い。」
凱、護「？！」
ミレイ達を救って喜んだら、空から一隻のブリガンテの真上から腕原種が現れた。
凱「腕原種！！」
腕原種「久しぶりだったな、サイボーグ凱、ゾルダートＪよ。」
ゾルダートＪ「腕原種、貴様も１０１人評議会とつるんでいたのか？！」
腕原種「そうとも、我も１０１人評議会と共にしておるのだ。」
ウルトラマンゼロ「次から次へと１０１人評議会か！！」
腕原種「我々は既に次の舞台へと突き進んでいる。今日は挨拶しに来たのだ。」
腕原種も１０１人評議会とつるんでいた事で、原種もまた１０１人評議会の関係があり、腕原種はブリガンテと共に立ち去った。
首都防衛基地
格納庫
凱「原種も１０１人評議会とつるんでいたとは。」
刹那「奴らの野望を食い止めばならないな。」
ガイ「あんたがゾルダートＪか？」
ゾルダートＪ「ああ、お前達と一緒にいるのも心地がいいな。」
リク「あんた、かっこいい姿してるな。」
ゾルダートＪ「ふっ、巨人に変身する戦士もなかなかだな。」
新たにゾルダートＪと戒道が仲間に加わり、今後の戦いは佳境へと迫りつつあった。
エルエルフ「ようやく集まっているようだな。」
ハルト「エルエルフ、何かする事がもう決まったのか？」
エルエルフ「ああ、俺達はルルーシュの妹のナナリーを奪取する。」
凱「ナナリー。」
バン「彼女はスローネに捕まって帝国にいると。」
エルエルフ「彼女の居場所はリヤドにいる。」
凱「彼女がリヤドに？」
エルエルフ「地球軍は今は全戦力を宇宙に集結させている間、今が彼女を奪取出来るチャンスだ。」
現在、地球連合軍は全戦力を宇宙に集結させており、その間に彼女を奪取出来るチャンスを掴んだという。リヤドへ向かった一同は、中東へ飛び立ち、早速中東のムカッラーの海岸へと進んだが、海岸にはガイロス帝国の守備隊が待ち構えており、当然アークエンジェルも特機部隊を発進して迎撃にかかった。
ムカッラー
ウルトラマンゼロ「うおおおおー！！」
ウルトラマンゼロが空中からゼロキックで地上にいるレッドホーン部隊の前に地面に打ち込んで爆発して、蹴散らした。
凱「喰らえっ！！」
空中ではスターガオガイガーがレドラーＢＣに格闘で殴り込んで撃墜した。
キラ「ターゲット確認、マルチロック・・・・。」
キラがフリーダムで多数の敵機を照準し、機体の翼の武装から背部のバラエーナプラズマ収束ビーム砲、両腰部のクスィフィアスレール砲を展開し、右手にルプスビームライフルと同時に発射し、照準された多数の敵機のコックピット以外の部分を破壊した。
バン「行くぜ！！」
バンは高速形態のライガーゼロイエーガーの高速によるスピードと運動性で、敵機の周り駆けながら翻弄して撹乱し、その隙を突いて劾のブルーフレームセカンドＧとイライジャのジン改が敵機を次々と撃退していった。ガイロス帝国守備隊を次々と撃退していき圧倒的な強さで示しながらリヤドへ突き進むアークエンジェル。
ウルトラマンゼロ（刹那）「！！」
ウルトラマンゼロ「どうした、刹那？！」
ウルトラマンゼロ（刹那）「いや、なんでもない。」
刹那は、再び奴と再会する日を予感した。その奴とは、
リヤド
ヴォルフ「いよいよか。」
その人物とは以前、刹那がトリポリ基地で対峙したヴォルフだった。ヴォルフも刹那との再会を予感し、２人の対決が再び起きようとする。リヤドへ向かうアークエンジェル。
移動中
エルエルフ「リヤドまでもうすぐだ。」
リヤドまでもうすぐ到着だ、到着すればナナリーを奪取する事で彼女を助け出せれる。だが、移動中に突如地面から巨大なドリルが回転して、バーサークフューラーが現れ、他にもディマンティス、ディロフォース、ジェノザウラー、ジンクス、ストライクダガー、ダークロプスゼロ、レギオノイドγまでもが現われて、一同を包囲した。
ヴォルフ「君達には宇宙へ行ってもらわねばならないのだが・・・・。」
バーサークフューラーを操縦するヴォルフがそう告いだ。
ウルトラマンゼロ（刹那）「！！」
刹那は、バーサークフューラーを見て、以前出会ったティラノサウルス型ゾイドである事に気付いた。
ヴォルフ「行かぬというのなら、諸君にはここで死んでもらうことになる！！」
次回 ２８話へ続く