北アフリカの戦いはヘリック共和国軍の勝利で収まり、地球連合軍のトリポリ基地の地下工場にあった新型のライオン型ゾイドを回収して、日本へと向かった。
日本
東京
首都防衛基地
格納庫
イアン「こっ、こりゃすげぇ。」
ガイロス帝国が開発した新型のライオン型ゾイドを一目実感するイアン。
スメラギ「基地の地下工場にあったこのゾイドはデータに全く見たこともない機体ね。」
イアン「色々調べて見た結果、こいつはオーガノイドでなく何やら別のもの使われているようだ。」
ムウ「別のもの？」
イアン「こいつは野生体をベースにして開発されたようだ。」
ガイロス帝国が開発した新型のライオン型ゾイドはブレードライガーやジェノザウラーやストームソーダーやライトニングサイクスなどに搭載されているオーガノイドとは別に、野生体をベースに開発され、寿命の低さと操縦の困難さなどを解決し、高い性能を発揮するが、問題点はその野生体の少なさと捕獲の難しさとコストの高さだ。
イアン「強い割にはコストが高いわけだ。」
バン「帝国軍がよくそんなすごいのが作れたな。」
イアン「まだまだ調べる必要性があるな。」
リバイ「見ても驚くようだ。」
グロウズ「驚いちまうな。」
デルトルト「グオッグオ。」
？？？「おーい！！」
リバイ「？」
遠くからリバイの元に集まって来た３人の星人ハンターら。
ハルキ「師匠、元気でしたか？！」
イカリ「吾輩も元気イカ。」
ナクリ「いい子に留守していたわよ。」
この３人のハンターの名は、バルキー星人のハルキ、イカルス星人のイカリ、ナックル星人のナクリ、彼らはいつも仲良し３人組で、プラズマギャラクシーに偶然やって来てそこでリバイと出会い、彼の弟子（自称）入りとなって、日々ハンティングの訓練をし続けていた。
リバイ「お前達か。」
ハルキ「ミー達は師匠のように頑張っているっス。」
イカリ「吾輩達３人は怪獣が来ないかいつもパトロールしてるイカ。」
グレイ「私達星雲団が街の平和を守っているのよん。」
リバイ「そっ、それはご苦労・・・・。」
ヒカル、ショウ、大地「！！」
ヒカルとショウと大地がハルキとイカリとナクリを見て自分達が見覚えのある人物だと見て気付いた。
藤宮「どうしたんだ？」
ヒカル「お前達は？！」
ハルキ「Ｏｈ、ユー達は？！」
イカリ「何でここにいるイカ？！」
ナクリ「いやーん、私達を連れ戻しに来たのね。」
ショウ「どうしてお前達がいる。」
大地「お二人は３人を知っていたんですか？」
ヒカル「色々とな。」
リバイ「お前達の知り合いか？」
ショウ「ああ、分けが訳があって。」
ハルキ、イカリ、ナクリらの事を知っているヒカル、ショウ、大地らはリバイに事情を話した。
リバイ「なるほど、そういう事か。」
ハルキ「ミー達は今はもう悪い事はしてないぜ。」
イカリ「吾輩達はちゃんと足を洗っているイカ。」
ナクリ「そうよ、いまはハンターとして頑張ってるのよ。」
ヒカル「本当か。」
ショウ「・・・・。」
大地「まあまあ２人とも。」
サクラ「リバーイ！！」
またリバイの名を呼ぶ者が現れて、白い肌とサーモンピンクの髪に青い瞳、猿の尻尾が特徴の美少女とガピヤ星人とダダ族がやって来た。
リバイ「お前はサクラ、ドラル、ユジン。」
ドラル「リバイじゃないか！！」
ユジン「久シブリダ。」
サクラ「リバイ、グロウズ、デルトルト、会いたかったよ。」
グロウズ「お前らも相変わらずだな。」
我夢「君達は？」
サクラ「わたしはサクラ。サイヤ人と夜兎族のハーフよ。」
ドラル「俺はガピヤ星人のドラル。よろしく。」
ユジン「俺ハダダ族ノユジン。」
藤宮「星人にも名前があるも珍しいな。」
グロウズ「そうか？」
デルトルト「グオッグオ。」
我夢「星人と話すのは珍しいな。」
大地「ムサシさんとガイさんは？」
ショウ「２人はハルトと刹那と一緒に用があるようだ。」
ヴァルヴレイヴ１
コクピット
ムサシ「君がこの機体を動かしているパイロットか？」
ハルト「はい。」
ガイ「彼はこの機体を操縦した事でマギウスになったんです。」
刹那「マギウスだと？！」
ガイ「彼は彼の学校の生徒を守るためにマギウスになってザフト軍と戦った。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「この機体の構造はどう言う仕組みだ？！」
ガイ「俺にもこの機体の事はわかりません。」
ハルトがヴァルヴレイヴ１に乗ってマギウスになった事にウルトラマンゼロがヴァルヴレイヴ１の構造を気にかけるが、機体の画面のディスプレイにいる少女が声を出し始めた。
ピノ「ねぇ、何でこんなところで集まってるの？！」
一同「？！」
ハルト「しゃっ、喋った？！」
ピノ「私の事、ずっと無視していたでしょ？」
ハルト「無視？」
ピノ「そう、特にあなた、今まで乗っておいて私の事をずっと無視して来たんだから。」
ハルト「君が喋る何て思わなかったよ。」
ピノ「もー。」
刹那「お前は？」
ピノ「私、ピノ。いつもここにいるの。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「お前、いつからこの機体にいるんだ？」
ピノ「大体かなり長いくらいかな？」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「長いって？」
ピノ「私はオーブの国で捕まっちゃって、お兄ちゃんと別れて今はこの中にいるの。」
ムサシ「オーブの国？」
ガイ「オーブ首長国か。」
ハルト「僕やショーコや流木野さんやキラ達の故郷です。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「この機体はようするにオーブ首長国ってところで作られたのか？」
ガイ「共和国との共同で開発されてこの機体が出来たのです。」
刹那「それとお前の兄は今どこにいる？」
ピノ「別れてからわからなくなってるの？」
ヴァルヴレイヴの画面に映っている美少女ピノがハルト達に喋りかけ、ヴァルヴレイヴがＧＡＴシリーズと共にヘリック共和国とオーブ首長国と共に開発され、ピノはオーブ首長国で兄と別れてしまい、ここで彼女は捕まってこの機体の中にいた。
ムサシ「時縞。」
ハルト「ムサシさん？」
ムサシ「マギウスになって何か変わった事はないか？」
ハルト「一度僕は凶暴化する発作が起きた事がありました。」
ムサシ「他の方は？」
ハルト「いえ。」
ムサシ「・・・・。」
ハルト「どうしたんですか？」
ムサシ「ちょっといいか？」
ピノ「何？」
ムサシ「彼に起きた凶暴化についてだ。」
ピノ「うーん、それはね、この機体のルーンが足りなくなる事があるから起きるのよ。」
ムサシ「ルーンだと？！」
刹那「お前、１０１人評議会と関係してるのか？」
ピノ「何それ、知らないんだけど。」
刹那「惚けるな、隠しても無駄だ。」
ピノ「だから私は知らないって。」
刹那「素直に吐け。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「刹那、その子は多分知らないと思う。」
刹那「ゼロ。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「迷惑かけてすまない。」
ピノ「ふんだ。」
ムサシ「・・・・。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「怒っているみたいだからしばらく離れよう。」
刹那がピノが１０１人評議会との関連があると聞き出して疑った事で、彼女は不機嫌になり、しばらく側を離れた。
大統領官邸
大統領室
ルイーズ「北アフリカでのご苦労様です。」
エルエルフ「北アフリカでの戦いは勝利した。」
ルイーズ「ザフトの人間であるあなたが、今回の戦いで指揮を執って勝利に導いてくれたようです。」
エルエルフ「制圧した基地の地下工場を新型機の回収に伴い、基地内を調べ尽くしたらどうやらこのような旗が見つかったようだ。」
トリポリ基地を制圧した際、地下工場を調べ尽くしたら旗が見つかり、その旗は黒い縁の赤いシールドに蛇とナイフをあしらった意匠だ。
ルイーズ「！！」
エルエルフ「どうした？」
ルイーズ「いえ、何でもありません。」
エルエルフ「・・・・。」
ルイーズ「（ゼネバスの生き残りの者達が既にゼネバスの復活のために動き出していたのね。）」
エルエルフ「ルイーズ大統領。」
ルイーズ「何でしょう？」
エルエルフ「実は人革連である動きを入手した。」
ルイーズはかつて旧大戦時に滅んだゼネバス帝国を復活させる動きに気付き、ゼネバス帝国の復活がコズミックイラ全体に大きな影響をもたらす事に感じた。エルエルフから人革連にある動きを入手した事を告げられた。
ヘリック国立図書館
室内
刹那「・・・・。」
刹那はヘリック国立図書館にて、コズミックイラにおける歴史の本を席に座って読んでいた。
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「（歴史の勉強か。）」
刹那が歴史の本を読んで勉強してあるのを見て、彼はコズミックイラにおける年表の出来事を詳しく見た。ＣＥ前に起きた出来事、ＡＤ末期から再構築戦争が起き、ＣＥ９年に集結し、以下の国家が誕生した。日本、東アジアを中心としたヘリック国、北アメリカ、南アメリカ、太平洋を中心としたＡＲＵＳ、ロシア、中国、インドを中心とした人類革新連盟、ヨーロッパの諸国を中心としたガイロス帝国、ソロモン諸島を中心としたオーブ首長国がそれぞれ誕生した。その中でヘリック国には公国制による王主導で、その王が病死し、息子である長男と次男が後継争いをし、ＣＥ１９年後継争いで長男が勝利を収めてその座に着いて、公国制を廃止し、共和制をし、自ら大統領となり、ヘリック共和国となった。
刹那「・・・・。」
後継争いに負けた次男は、議会を追放されて自ら国家を作り上げてゼネバス帝国を建国し、２年後のＣＥ２１年にヘリック共和国とゼネバス帝国の戦争が起こり、両国はゾイドを開発して投入し、衝突し合い、ヘリック共和国はゴジュラス、シールドライガー、ウルトラザウルスを開発し、それに対してゼネバス帝国はアイアンコング、セイバータイガーを開発して戦局を変えていくが、その５年後のＣＥ２６年に戦いはヘリック共和国が勝利をし、ゼネバス帝国は敗北をした。突如暗黒軍と呼ばれるガイロス帝国の参戦で、敗北したゼネバス帝国に攻撃し、ゼネバス帝国は滅亡し、今度はヘリック共和国とガイロス帝国の戦いが始まり、暗黒軍の未知のゾイドに苦戦するヘリック共和国はこの世界で初めて人型機動兵器のガンダムと呼ばれたＭＳ、Ｏガンダムを開発し、実戦で投入し、暗黒軍の未知のゾイドを次々と葬り、さらヘリック共和国の新型ゾイドと共に優勢に立ったが、ある日、突然空から接近してきた無数の隕石が降ってきて、地球全体に大きな被害が出て、ヘリック共和国とガイロス帝国はこれ以上の戦闘は不能と判断し、両国は休戦を結び、ＣＥ３１年に終戦を迎えた。滅んだゼネバス帝国の人々はヘリック共和国に吸収され、またガイロス帝国に亡命する事によってそれぞれ道を歩んだ。
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「（この国にそんな歴史があったんだ。）」
刹那「・・・・。」
刹那はトリポリ基地で対峙した謎のティラノサウルス型ゾイドのパイロットの事をまだ気にかけていて、いつまた会うのか悩んでいた。外で警報が鳴った。
刹那「？！」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「敵のお出ましか。いくぞ。」
刹那「ああ。」
すぐに外へ出て現場へ向かう刹那とウルトラマンゼロ。街ではエースキラーの姿を纏ったエレキングらしき怪獣が暴れていた。
市街地
男性１「うわぁー！！」
エースキラーの姿を纏ったエレキングらしき怪獣が左手の鉤爪で建物を破壊していった。
刹那、ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「！！」
街で暴れている怪獣を目撃する刹那とウルトラマンゼロは、怪獣からある気配を感じた。
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「間違いない、あの怪獣の気配からあいつを感じる。」
刹那「ベリアルか。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「ああ。」
その怪獣の気配からウルトラマンベリアルの存在に気付いた刹那とウルトラマンゼロ。宿敵が今、目の前にいた。
サンダーキラー（ケイ）「さあ、来い。ウルトラマンゼロ。」
エースキラーの姿を纏ったエレキングらしき怪獣はサンダーキラー。謎の人物、伏井出ケイがエースキラーとエレキングの怪獣カプセルをライザーと言うアイテムでフュージョンアップしたベリアル融合獣サンダーキラーとなって街を破壊する。
ウルトラマンゼロ「たああああああー！！」
早速刹那がウルトラマンゼロに変身して現れて、サンダーキラーに先手を打って出た。
ウルトラマンゼロ「お前、ベリアルだな。」
サンダーキラーに変身したのがウルトラマンベリアルだと感じて直接問いかけながら攻撃するウルトラマンゼロ。
サンダーキラー（ケイ）「現れたか、ウルトラマンゼロ。」
ウルトラマンゼロ「ベリアル！！」
もし宿敵だとしたらこの手で倒さねばならないとすぐにでも倒しにかかり、ウルトラマンゼロはパンチを連打して、次にキックでサンダーキラーの胴体に打ち込んだ。
サンダーキラー（ケイ）「ふふふっ。」
不気味に笑うケイは、ウルトラマンゼロの攻撃を受けながら全然平気でいた。
ウルトラマンゼロ「お前はベリアルなのか、答えろ！！」
サンダーキラーに攻撃をしながらベリアルなのか激しく問い詰めていくウルトラマンゼロ。
サンダーキラー（ケイ）「まあ、そう焦るな。」
サンダーキラーの体内に蓄えている電気エネルギーを放電して、ウルトラマンゼロに浴びせた。
ウルトラマンゼロ「うわぁぁぁぁぁぁー！！」
サンダーキラーの体内から放電した電気エネルギーを浴びてしまったウルトラマンゼロは、姿勢を崩してパワーダウンしてしまった。その隙を突いてサンダーキラーが左手の鉤爪でウルトラマンゼロにひっかき、さらに尻尾を振りながら攻撃した。
ウルトラマンゼロ「うわぁぁぁぁぁぁー！！」
サンダーキラーの放電した電気エネルギーを浴びて姿勢を崩した故にパワーダウンまでしてしまい、サンダーキラーの攻撃を受けるウルトラマンゼロ。
ウルトラマンゼロ（刹那）「うっ、くぅっ！！」
電気エネルギーを浴びたせいで姿勢を立て直す事が出来ないウルトラマンゼロ。
ウルトラマンゼロ（刹那）「ゼロっ！！」
ウルトラマンゼロ「うっ、このままじゃやられてしまう・・・・！！」
ピンチに陥ったウルトラマンゼロ。その時、サンダーキラーの背後から１人のウルトラマンが現れてキックでお見舞いした。
ウルトラマンゼロ、ウルトラマンゼロ（刹那）「！！」
現れたのは、北アフリカのトリポリ基地の戦いで現れたウルトラマンジードプリミティブだった。
ウルトラマンジードプリミティブ「・・・・。」
ウルトラマンゼロ「あの時の？！」
サンダーキラー（ケイ）「余計なのが現れたか。」
ウルトラマンジードプリミティブに向けて体内から電気エネルギーを放電しようとするが、上空からソルシェウィサリスが現れて、杖型武器のソーサリロッドで、先端のクリスタルから特殊な光線を放って攻撃した。
ウルトラマンゼロ「あれは？！」
ウルトラマンゼロ（刹那）「トリポリ基地に現れたウルトラマンと機体だ。」
ウルトラマンジードプリミティブと一緒にトリポリ基地に現れたソルシェウィサリスもこの東京に現れて驚いた刹那とウルトラマンゼロ。サンダーキラーが尻尾に電気エネルギーを纏いながら振って攻撃するが、
ウルトラマンジードプリミティブ「！！」
サンダーキラーの電気エネルギーを纏った尻尾をジードクローで払い、そのままジードクローで斬撃した。ソルシェウィサリスが両手にソルナイフ２本を持ちながらサンダーキラーに直接斬り込んだ。そうしたらウルトラマンジードプリミティブはフォームチェンジで、赤と黒のプリミティブから青のアクロスマッシャーに変身して、右手から光の剣スマッシュビームブレードを出刃してサンダーキラーに大きく斬撃し、撃退した。やられたサンダーキラーはケイはすぐに脱出して、この場を引いた。
ウルトラマンゼロ「なんて強さだ・・・・。」
自分を追い詰めたサンダーキラーを一瞬で倒したウルトラマンジードアクロスマッシャーに驚いたウルトラマンゼロ。そしてウルトラマンジードアクロスマッシャーが変身を解いて人間体の姿へとなった。そしてソルシェウィサリスも地上に着陸した。
リク「・・・・。」
ウルトラマンゼロ「俺らに用があるみたいだ。」
ウルトラマンゼロ（刹那）「そうだな。」
変身を解いて元の姿に戻った刹那は、さっそくリクと接触をして話をし始めた。
刹那「助けてくれた事を感謝する。」
リク「どういたしまして。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「お前の名前は？」
リク「俺は朝倉リク。そちらの戦いをずっと見てきましたよ。」
刹那「俺達の戦いをずっと見ていた？！」
美月「私が彼と一緒に見てきたのよ。」
ソルシェウィサリスのコクピットから降りて現れた美月とその子供２人。
刹那「お前は、あの時の？！」
美月「あら、また会えたわね。」
みな、こう「また会えたよー。」
刹那は以前フロリダのアトラクションで会った美月と彼女の子供２人がソルシェウィサリスのパイロットだっと知って驚き、トリポリ基地でウルトラマンジードと一緒にガルベロスとリザリアスグローラーを倒した事とフロリダでＡＲＵＳのＭＳ部隊を倒したのも彼女だと気付いた。そしてサンダーキラーの際にも現れて、彼を三度も救った。
刹那「これで三度か。」
美月「これであなたを三回助けたようね。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「三度も助けられるとは俺も何だか恥ずかしい気分だ。」
リク「言い忘れていたけど、俺はウルトラマンジード。ベリアルの子だ。」
刹那、ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「！！」
リクはウルトラマンジードと名乗りながら自らウルトラマンベリアルの子供と告げて、刹那とウルトラマンゼロは、その衝撃を知った。
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「ベリアルの子だと・・・・？！」
美月「彼はウルトラマンベリアルの遺伝子を受け継ぐ者、自分の出生を知りながら運命を受け入れるわ。」
リク「俺は俺の意志で戦っている。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「まさか、ベリアルに子供がいたとは・・・・。」
自分の出生を知って、ウルトラマンベリアルの子供としての運命を受け入れるリク。ウルトラマンベリアルに子供がいた事に驚きを隠せなかったウルトラマンゼロ。彼女の手持ちの通信機から連絡が来た。
美月「ん、連絡が来ているわ。付いて来て。」
美月と共に同行する刹那とウルトラマンゼロ。着いたのは大統領官邸だった。そこには、キラやハルト達アークエンジェルのクルーのメンバー達が集まっていた。
大統領官邸
居間
刹那「みんな。」
ロックオン「遅かったぞ、刹那。」
ムサシ「ようやく、これでみんな集まったみたいだ。」
ショウ「さっそく説明をしていただきたい。」
ルイーズ「私からあなた方に説明をします。人革連の真の支配者である大宦官を倒す事です。人革連内では、彼らの支配によって大勢の人民が貧困、弾圧に遭い、虐げられている日々を送っているのです。」
キラ「人革連は天子と言う人が支配者ではないのですか？」
ルイーズ「その元首である天子を利用して自分達の傀儡政権として維持する大宦官こそが真の支配者なのです。彼らの特権によって人民が苦しんでいるのは事実です。人民のために立ち上がったのが、彼らの支配に反旗を持つ一部の軍人達が立ち上がっているのです。」
エルエルフ「ここで奴らを倒して人革連との戦いを終わらせる絶好の機会だ。クーデターが各地で起きている今、俺達が介入して反乱軍と協力して大宦官を倒せる事もありだ。」
ルイーズ「この戦いを終わらせて人革連との和平を実現していきたい。あなた達には是非やっていただきたいのです。」
ロックオン「人革連を殴りにいくか。」
ティエリア「人革連にいる大宦官を倒せば、人革連との戦いに終わりが来るわけか。」
アレルヤ「・・・・。」
凱「どうした？」
アレルヤ「何でもないよ。」
エルエルフ「今から出撃にかかる。それまでに準備は済ませておけ。作戦は後で説明する。」
ヘリック共和国大統領のルイーズから与えられた指令、それは人革連を牛耳る大宦官を倒す事。大宦官によって圧政で苦しむ一部の軍人達が立ち上がり、クーデターが各地で起き始めておら、それを機に大宦官を倒す事で人革連との戦いに終わりが迎える。すぐに出撃にかかり、準備を済ませたりする。この戦いから新たなメンバーが入り、リクと美月がアークエンジェルの一員として加わった。
中国
西安
星刻「これより人民解放のため、天子様を救うため、我々は大宦官を討ち取りに行う。」
大宦官の圧政で苦しむ人民、大宦官の傀儡された天子を解放するために立ち上がった星刻。彼は反乱軍のリーダーとして各地でクーデターを起こし、大宦官に反旗を翻す。
セルゲイ「星刻。」
星刻「わかっている。この戦いは人民のため、天子様のため、今の支配を終わらせるための戦いである事だ。」
セルゲイ「私はこの何十年も彼らの支配を見てきてどれだけの民が苦しめられたか。」
星刻「今日こそこの支配を終わらせるために私達は大宦官を倒す。」
次回 １６話へ続く