舞台はコズミックイラ、ナチュラルとコーディネイター、マナ、宇宙人の存在する世界。この世界種族による激しい対立による戦争が起こり、地球圏は大規模な戦火となった。数年前、中東のクルジスでは、戦場に出る幼い少年らがＭＳ部隊を相手に必死に抵抗し挑んだ。
中東
クルジス
指導者の声「この戦いは、神の御前にささげられる聖戦である。」
少年兵１「うっ。」
少年兵２「くっ。」
少年兵３「このっ！！」
銃でアンフに向かって撃つが、ＭＳを前に全く歯が立たず、アンフの機関銃により次々と少年兵は一掃されていった。
幼い刹那「はぁはぁはぁ。」
必死になって命がけになって戦う一人の少年、刹那。
幼い刹那「この世界に神なんていない！！」
この戦いに既に神はいないと悟り、だがそれでも必死になって銃を撃ちながらアンフに応戦する少年。
幼い刹那「はぁはぁはぁ。」
銃で撃ち続けるのを足を転んで倒れてしまい、アンフ部隊にトドメを刺されようとした。
幼い刹那「うっ、あぁぁっ。」
絶体絶命の窮地に陥った少年は、既に自分一人だけが生き残り、他の少年兵は既に戦死し、自分も死んでしまうのかとそう思った。だがその時、上空から二つの刃型が投げられてアンフ部隊を次々と手足など切断し、戦闘不能にした。
幼い刹那「？！」
突如、アンフ部隊が戦闘不能されたの見た少年は空を見上げて、上空から一人の巨人が現れた。
ウルトラマンゼロ「・・・・。」
その巨人はウルトラマンゼロ。
幼い刹那「ああっ。」
少年は自分の命を救ったウルトラマンゼロを見て、人智を超えた存在を見つけた。そして数年後、ＣＥ７１年１月、カルパチア山脈では、ガイロス帝国の基地でウルトラマンゼロの介入により戦闘が起きた。
カルパチア山脈
ガイロス帝国基地
ガイロス帝国兵１「この！！」
基地にいるガイロス帝国のＭＳやゾイドやナイトメアフレームは突如現れたウルトラマンゼロにより破壊されており、ガイロス帝国兵の操縦するイナクトは、ウルトラマンゼロを相手に挑み、リニアライフルで射撃したが、ウルトラマンゼロには人類の兵器は全く効いていなかった。
ウルトラマンゼロ「こんな程度か。」
ガイロス帝国兵１「あぁぁっ！！」
ウルトラマンゼロ「・・・・。」
ウルトラマンゼロは無言で右腕を素早く出してイナクトを振り払った。
ガイロス帝国兵１「うわぁぁぁっ！！」
ウルトラマンゼロに振り払われて損傷したイナクト。だがコクピットの中にいるガイロス帝国兵は無傷し、命は無事であった。
ウルトラマンゼロ「悪いが、お前達の命は奪わない。」
またウルトラマンゼロによって撃退された機体はパイロットの命は、無事でウルトラマンゼロは相手の命を奪うことはしなかった。
コーラサワー「おい、そこのお前。」
ウルトラマンゼロに立ち塞がり現れたのはガイロス帝国のエースパイロットのコーラサワーの操縦するイナクトだった。
ウルトラマンゼロ「？」
コーラサワー「どこのどいつかしらねぇが人様の領土に踏み込んだただで済む訳ねぇよな？！」
コーラサワーの操縦するイナクトがソニックブレイドを出してウルトラマンゼロに襲いかかった。
コーラサワー「模擬戦でも負け知らずのスペシャル様なんだよ！！知らねぇとは言わせねぇぞ！！」
ウルトラマンゼロ「そうやって無意味に突っ込むバカは身の程を弁えろってんだよ！！」
襲いかかって来たコーラサワーのイナクトにウルトラマンゼロは頭部にある２本ねゼロスラッガーを出して両手に構えながら武器のように振りながらコーラサワーのイナクトの手足を切断した。
コーラサワー「てめぇ、わかってねぇだろ！！俺はスペシャルで２０００回で模擬戦なんだよぉ！！」
ウルトラマンゼロにあっという間に倒されてしまったコーラサワーのイナクト。ウルトラマンゼロは基地の地面に向かってエメリウムスラッシュを発射して爆発させた。
ウルトラマンゼロ「・・・・。」
ウルトラマンゼロはそのまま空を飛んで立ち去って、遠く離れた人影のない場所に辿り着いて人間の姿へと変えた。
刹那「・・・・。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイ）「俺達はこの世界に潜む奴を見つけ出すために戦う。」
？？？
エンブリヲ「ウルトラマン、君達の存在は厄介なのだよ。」
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