20××年。突如、太平洋上に異形の怪物が現れ艦船を襲い人間を食った。

後に深海棲艦と呼ばれるその怪物はシーレーンを滅茶苦茶にし、海洋国家や島国等海とは切っても切れぬ縁を持つ組織・システムへ壊滅的な被害を与えた。

その5年半後、日本の防衛省は深海棲艦に対抗しうる少女の形をした洋上兵器『艦娘』を多国間共同の下開発・配備を急速に推し進め、全国各地に基地及び対深海棲艦戦闘隊群を増設した。

その最中、新たに新設された『品川基地』に配属される一人の二尉。
彼は同じく配属される艦娘『吹雪』と共に新たな日々を過ごす。

彼らの運命やいかに…
序章
  何で俺が!?
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