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ハクダンジム戦を終えスバルとサトシ達はポケモン達の回復と自己紹介を兼ねポケモンセンターに来ていた
「改めて、スバルだ。サトシの３つ上で旅に出るまではサトシの面倒を見ていた。今はカントー、ホウエンのチャンピオンではなくカロスリーグに出場する１人のトレーナーという事で頼むな」
「分かりました。僕はシトロンと言います。でこっちが・・・」
「妹のユリーカです。この子はデデンネ私のキープポケモンなの」
「キープポケモン？」
「ユリーカはまだポケモンを持てないから、シトロンがユリーカ用にゲットしているのです」
「成程な」
「私はセレナです。スバルさん私の事覚えていますか？」
「セレナ？もしかして昔オーキド博士のポケモンサマーキャンプにいた少女か？」
「はいそうです」
「まさかあんな小さい子がこんな美人になっているなんて、言われなかったら気づいてなかったな」
「そ、そんな美人だなんて///」
スバルの言葉にセレナは顔を赤くした
「あ、あの～スバルさんとセレナはこれからどうするのですか？」
何とも言えない空気になりかけたところでシトロンがスバルとセレナにこれからどうするか聞いた
「俺はサトシ達が良いんだったら一緒に旅がしたいな」
「私も」
スバルの言葉にセレナも賛同した
「俺は賛成だぜ！スバル兄さんと旅が出来るなんて思ってもみなかった」
「僕もです。２地方チャンピオンのバトルが見れるのでしたら大歓迎です！！」
「ユリーカも！！」
「デネ！」
サトシの言葉にシトロンもユリーカも賛成しスバルとセレナはサトシ達と旅する事が決まった。スバル達の今の手持ちの紹介をして再びミアレシティに戻る事になったスバル達。途中サイホーンレースにサトシが飛び入りで参加したがロケット団によるサイホーン強奪事件が起こったが、スバルの活躍で事なきをえた。
そして一行は遂にミアレシティに着いた
「着いたなミアレシティ！」
「この前はゆっくり見えなかったけど、世界のファッションをリードする町ってだけあるわね、町も皆も凄くお洒落。プリズムタワーも素敵」
「そ、そうですね」
「まあまあかな」
「そう言えばプリズムタワーにはミアレジムがあるって聞いたな。サトシもうジムには行ったのか？」
「それがバッチが４個必要みたいで挑戦出来なかったです」
「へーバッチが揃わないとチャレンジ出来ないジムもあるんだ」
「そう言う訳で取り敢えずこの町は素通りしませんか？」
「シトロン、ユリーカお前達変だぞ？ミアレに着いてから挙動不審だし何か隠しているな？」
スバルはミアレに着いてから２人の様子がおかしいと思い聞くと２人は誤魔化すように先に進もうとする。そこに２人の父親のリモーネとデンリュウと出会いスバル達も自己紹介をした。
更にシトロンがミアレシティジムリーダーだと分かり、今ジムはシトロンが作ったジムリーダーロボットにジムが乗っ取られたと聞きスバル達は取り戻す為に動いた。
結果的にジムを取り戻す事に成功しロボット・シトロイドに再度プログラムを入れ、理想に近いジムリーダーロボとなった。
そしてリモーネに今までの事を全て話、スバル達と旅をしたいと言いリモーネはこれを承認し５人はシトロンの家に一晩泊まる事になった
「サトシとスバルさんは良かったのですか？ジムに挑戦しなくって」
「シトロンはバッチ４個の実力があるのが良かったんだろ？だったら俺もその実力を付けてからにするよ」
「スバルさんは？」
「俺も同じだ。今はチャンピオンではなくカロスリーグ出場を目指すトレーナーだから、バッチ４個を手に入れて堂々とチャレンジしようと思う。その時の相手はシトロイドではなくシトロンお前だ」
「俺もな」
「はい。その時まで今より実力を付けて正々堂々とバトルします」
そう言いシトロンはサトシとスバルと握手した
翌日セレナの提案でプラターヌ博士に会いに行く事になったスバル一行。
研究所に行くとセレナが焼いたマカロンを食べようとしたが、研究所にいたハリマロンに全て取れられしまった。
それぞれ過ごしていたらロケット団のトレーラーが研究所の庭に突っ込んで来てプラターヌ博士を誘拐した。セレナとユリーカは博士を助けようとトレーラーに乗ったが扉が閉まってしまって出る事が出来なくなった。そしてトレーラーが走っていき、遅れて出てきたスバル達はハリマロンがトレーラーを指さすのをみて、サトシはヤヤコマを出しトレーラーを追う様に指示した
「俺も行く。頼むぞリザードン！」
「グオ！！」
スバルはリザードンを出し背中に乗ってトレーラーに気づかれ無いようにトレーラーの上を飛んで尾行を始めた。
サトシ達はセレナがまいっていたマカロンのかけらを辿り追いかけって行った
着いた先は山の中でトレーラーは廃工場の前にあった
「サトシこっちだ」
「スバル兄さん、ヤヤコマ」
「犯人はロケット団だ。中にはプラターヌ博士とセレナとユリーカが拘束されている。此処は様子を見て、隙があれば動くぞ」
「はい」
「出てこいジュカイン、ケロマツ」
「ジュラ！」
「ケロ！」
「様子を見て隙が出来たら突入する２人は反対側に回り待機してくれ」
スバルの言葉にジュカインもケロマツも頷き反対側に回った。
様子を見ていたがハリマロンがマカロンを取ろうとしているのが見つかり突入する事になった
「皆を返せロケット団！」
「皆を返せ！と言われたら」
「答えてあげるのが世の情け」
「世界の破壊を防ぐため」
「世界の平和をまもるため」
「愛と真実の悪を貫く」
「ラブリーチャミーな敵役」
「ムサシ」
「コジロウ」
「銀河をかけるロケット団の２人には」
「ホワイトホール白い明日が待っているぜ」
「ニャンテナ」
「ソーナンス」
ロケット団は何時もの名乗りを手を抜かずしていたがスバル達はセレナ達の縄を解いていた。逃げようとしたが、メガシンカのデータを入れたメカが起動してしまった。そのメカの名はメガメガメガメカニャース
「おお！マーベラス！！何て力強い」
「敵ながら天晴です！！」
「感心している場合ではないでしょう！！」
プラターヌとシトロンは目を輝かせていたがセレナの言葉で逃げる事になったしかしスバルは・・・
「【ドラゴンクロー】で止めろ」
「グオオオオオ！」
リザードンは両手の【ドラゴンクロー】でメカを止めた
「「「嘘だーーー！？」」」
その事にロケット団は驚いた
「チッ！ここじゃ狭すぎる外に出るぞリザードン」
工場内では本来の力が発揮出来ないと思い外に出る事にした。メカが外に出るとメガバシャーモが膝蹴りをくらわした
「まさかのメガバシャーモニャ！」
「ほう、メガバシャーモかならこっちもメガシンカだ行くぞリザードン！！」
「バウ！」
スバルの言葉にリザードンは「任せろ」と頷いた
「火炎よ日輪の力を解き放て！リザードンメガシンカ！！」
スバルのキーストーンとリザードンの体内にある、リザードンナイトＹが共鳴し光で結ばれリザードンの姿を変えた
「違う姿だ！」
サトシ達はハクダンジムで見た姿のリザードンではないことに驚いていた
「リザードンには２種類のシンカの姿があるんだ。この姿の特性は・・・」
そこまで言った所で急に日が強くなった
「この姿の時の特性は「ひでり」だ今なら炎技の威力が上がる。リザードン！」
「バシャーモ！」
「「【かえんほうしゃ】だ」」
メガシンカ＋ひでりの効果を得たリザードンとバシャーモの【かえんほうしゃ】がメカに直撃しメカはボロボロになった。
止めにピカチュウの【エレキボール】とハリマロンの【ミサイルばり】がメカの動力源にアタリ爆発しロケット団は空に消えた。
研究所に戻るともう夕方になっており研究所を出発しようとしたらハリマロンがシトロンについて行きたいとスバルがシトロンに話すと連れて行く事を決めた。
こうしてシトロンに新たな仲間ハリマロンが加わった