本作を楽しむ際の助けになれば幸いです。
興味のない方は読み飛ばしてくれて構いません
スタート地点は西暦200X年7月20日です。
文頭や文末についたアルファベットは、時間移動を分かりやすくする区別。Ａ⇒Ｂ Ｂ⇒Ｃ とアルファベット順に追っていく事で作品内での魔理沙の行動、時系列に沿った展開が読めます。
（旧）と文末についている箇所は、魔理沙の時間移動による歴史改変により、上書きされて『無かった事』になった歴史です。
西暦下四桁のXは7です。即ち西暦200X年は、西暦2007年ということになります。
年表
【Ｎ】紀元前39億年7月31日正午⇒原初の石を拾うために魔理沙が太古の地球に降り立つ。
同日⇒石の回収が終わった頃、1億光年先からやってきた宇宙船が魔理沙達の目の前に不時着。宇宙人のアンナと出会い、彼女の壊れた宇宙船を修理することに。 ここで魔理沙が、時間の理論が並行世界に分岐するのではないか、と勘違いする。
その後、にとりが宇宙船を修理し、アンナは感謝の気持ちとして、近距離航海用の宇宙船データ（魔理沙達が乗る宇宙飛行機）をプレゼントする。そして、アンナは地球を旅立っていった。
魔理沙達も取り敢えず依頼された原初の石を届けるべく、200X年8月2日に帰る事に決める。【Ｏ】へ （時の回廊で西暦215X年9月19日に進路変更する）
【Ｔ】同日午後3時頃、アンナを帰さないために、過去の自分たちの行動を見張れる場所（地球の外）から、チャンスを待ち、アンナの宇宙船だけが飛び出してきた所で引き留め、過去の自分達の宇宙飛行機がいなくなるのを待った。
午後5時頃 再び原初の地球の大地に降り立ち、魔理沙はアンナに未来で何が起こったのかを説得し、私の名前を歴史に残さないよう要請。アンナはそれを快諾し、アンナの星（アプト星）へ遊びに行く約束を交わして、今度こそアンナは母星へ帰って行った。
午後7時50分 地球が残っているかどうか確認するために西暦300X年へと跳ぶ。 時間移動の途中、時の回廊において、歴史改変の影響による因果の消失で存在が統合しようとしている妹紅に、これまでの感謝の気持ちと別れを告げる。 西暦300X年の【Ｕ】へ
紀元前1万年頃 ⇒ 銀河帝国の巡洋戦艦が、砂漠となったアプト文明のデータベースを発掘。そこから地球のタイムトラベラー霧雨魔理沙の存在を知る。（旧）
5世紀以前⇒ 250X年の紫の証言によると、幼少期の紫と魔理沙が接触した可能性がある。⇒詳細は第5章にて描写されます
19世紀後半 産業革命（史実）
西暦1977年9月5日 ボイジャー1号発射（史実）
西暦2001年 ⇒世界人口が60億人に到達（史実）
西暦2006年（西暦200X年の前年）⇒ 原作の第2次月面戦争があった年
【Ｍ】西暦200X年7月30日午前8時【協定世界時】⇒魔理沙達が幻想郷を抜けて宇宙へ飛び出す。地球の周りには建設途中の宇宙ステーション（史実で完成した日付は2011年7月21日午後6時57分）などを見ながら、月の都へ向かう。12時間の移動時間中、魔理沙の体に異変が生じたが、なんとか乗り越え、やがて月の都へと到着。
7月31日午前5時 宇宙飛行機が月の都に到着し、その後綿月姉妹と出会い、彼女の自宅で事情を説明する。紆余曲折を経て、彼女達は、人類を宇宙進出させたいのならば、誕生したばかりの地球に存在した原初の石を持って来なさいと条件を出す。
魔理沙はそれを承諾し、地球表面近く、同日午後22時10分（協定世界時）に39億年前の地球へとタイムジャンプ。【Ｎ】へ
【Ｐ】（革新的な歴史の転換点）8月2日⇒アンナの宇宙船を直してこの時代に帰って来た魔理沙は原初の石を綿月姉妹に渡す。綿月姉妹は人間達の宇宙進出を邪魔しないことを約束。幻想郷が復活することを願いつつ、魔理沙達は出発日に近い、西暦215X年9月20日の幻想郷へ戻る。（直接飛ばなかったのは、幻想郷の結界を抜けられないため）【Ｑ】へ
西暦2008年（西暦200X年の翌年）⇒原作、東方紺珠伝の異変が起こった年
西暦2016年⇒世界人口が72億人に達する（史実）
【Ｓ】西暦2025年6月30日15時33分【協定世界時】⇒ 太陽系の外宇宙、魔理沙達は電池が切れたボイジャー1号を簡単に破壊する。次いで過去の自分達に見つからないように作戦を練り、アンナの宇宙船を捕まえるために、紀元前39億年7月31日午後3時へ跳ぶ。【Ｔ】へ
西暦204X年⇒月の裏側に宇宙人がいることに人類が気づく。（旧）
21世紀半ば⇒とある大国が月に戦争を仕掛けるも、あっさりと敗北。（旧）
西暦2055年2月9日【協定世界時】⇒銀河帝国の巡洋艦がボイジャー1号を発見。それに伴い、地球へ人類に化けた宇宙人を送りこむ（旧）
西暦2070年頃⇒人類が無人光速航行を確立
21～22世紀頃⇒人類は宇宙開発を推し進めていくも、月の都から激しい妨害に合う(旧）
西暦213X年4月11日⇒魔理沙がにとりへ設計図を持っていき、中身を確認して一目惚れしたにとりは、宇宙飛行機の開発に取り掛かる。
西暦215X年9月18日午前10時頃⇒幻想郷の空を飛んでいると、射命丸文に遭遇。能力を駆使して逃げた先には、妖怪殺しの結界に覆われた博麗神社。紫に入り方を教わって中へ入ると、この時代の博麗の巫女である博麗杏子の姿を発見する。妖怪嫌いの彼女は、魔理沙を見て滅ぼそうと襲い掛かり、慌てた魔理沙は咄嗟に時間指定無しの時間移動（タイムスリップ）をしてしまう。【Ｅ（西暦300X年5月6日）】へ
9月18日午前10時頃⇒歴史が複数回変わったことを確信した輝夜。人里で何かないかと探していたら慧音に遭遇。二人が話し合っている最中、天狗の新聞に在りし日の魔理沙の写真が載っていた事が決め手となり、翌日に魔理沙の家に訪問することを決める。
【Ｉ】9月18日午後1時⇒外の世界でも魔法を使えるようになるマナカプセルを創るため、マナが豊富な水場（玄武の沢）へ向かう。その途中にとりに出会い、既に例の物は完成していると意味深長なことを告げられる。それに首を傾げつつ、魔理沙はマナカプセルを完成させて、再び250X年に戻る。【Ｊ】へ
【Ｌ】9月18日午後9時⇒疲労困憊の妹紅を自宅に泊める。
9月19日午前6時（協定世界時）⇒時の回廊から宇宙空間に出るも、スペースデブリが多かったため地球の突入を断念。西暦200X年8月1日を経由して同日午後3時にタイムジャンプ 【Ｏ】へ
9月19日午前9時⇒慧音と輝夜が魔理沙の自宅を訪れ、驚いた魔理沙は取り合えず自宅に上げて話をする。その途中で起きてきた妹紅が慧音の姿を見て感極まり、熱い抱擁を交わす。魔理沙は慧音と妹紅を横目に、輝夜と月の都に行く手段について話し合い、永遠亭にある月の羽衣を使うことに決めて出発。道中、妖怪の山に寄って行く。
9月19日午前10時過ぎ⇒妖怪の山のにとりの自宅を訪ねると、そこには巨大な宇宙飛行機が。にとりによれば、この時点よりもさらに未来の魔理沙が渡した設計図を元に造られたと言う。
しかし輝夜の話では乗り物を用意しても特殊な結界が張られた月の裏側には行けないとの事で、当初の目的である永遠亭に向かい、輝夜の協力もあって月の羽衣を借りる。
その帰り道この時代(215X年)の妹紅と偶然出会い、蓬莱の薬を飲まなかった歴史に変えてくれと頼まれたが、魔理沙の説得により妹紅は去って行った。
そしてにとりの自宅に戻ってきた魔理沙は、にとりと未来の妹紅（300X年）と共に、西暦200X年月の都へ向けて、宇宙飛行機を発射する。（午後2時55分）【Ｍ】（西暦200X年7月30日午前8時）へ
【Ｏ】9月19日午後3時～4時⇒幻想郷に戻ってきた魔理沙は、すぐに20年前に戻ってにとりに設計図を渡し、改めて西暦200X年へと飛ぶ。【Ｐ】へ
【Ｑ】9月20日12時50分⇒宇宙で宇宙船が飛び交うのを確認してから、幻想郷の上空で魔理沙は西暦300X年へタイムジャンプ！ 【Ｒ】へ
【Ｖ】9月20日午後5時⇒未来から帰って来た魔理沙は、にとりと別れ、家でゆっくりと休むことにした。【第3章終了】
西暦216X年⇒人類がワープに成功する
11月11日⇒銀河帝国との宇宙戦争により地球滅亡。（旧）
西暦2189年⇒第一次殖民計画が行われ、選ばれた10万人が他惑星へと移住を開始する。
西暦240X年頃⇒上白沢慧音が永眠する。
西暦250X年5月27日⇒この頃に幻想郷の博麗大結界、識別コード『A-10とNH-43』にごく小さな亀裂が入っていたらしい。（旧）
【Ｇの歴史】⇒柳研究所が創設された日付。（旧）
【Ｆ】西暦250X年5月27日正午⇒まだ幻想郷が無事だった頃に戻って来た魔理沙は、この時代の博麗の巫女で霊夢そっくりの博麗麗華に出会う。
その後、この時代の紫に会い、未来の紫の伝言を伝える。しばらく後に紫が帰って来た時、魔理沙の話通り結界に解れが出来ていたことに驚いていた。解れを直したことを確認した魔理沙は、午後4時にタイムジャンプ。500年後へ確認に行く。【Ｇ】へ
【Ｈ】5月27日午後4時5分⇒妹紅を連れて再びこの時間に戻って来た魔理沙だったが、タイムジャンプ魔法が蓬莱人を連れた時間遡航に対応していなかった為気絶。妹紅は気絶した魔理沙を博麗麗華に介抱するように頼み込み、博麗神社で一晩を過ごした。
5月28日朝⇒博麗神社で目を覚ました魔理沙は、食事を摂った後紫と藍に事情を説明し、柳研究所を滅ぼすことを決めてその日の深夜に襲撃する約束を取り交わす。その準備の為に、一度元の時代（西暦215X年9月18日午後1時）に戻る。【Ｉ】へ 午前9時50分
【Ｊ】5月28日午前9時55分⇒準備が出来た魔理沙は、妹紅と共に約束の時間（深夜0時）まで再び時間移動。
5月29日午前0時⇒紫と待ち合わせし、スキマを通って研究所へ。そこのサーバールームでクラッキングの最中、テラフォーミング計画の文章を見つける。
その後、藍が幻想を解明する研究のプロトタイプを見つけデータを消去。研究所を物理的に破壊して幻想郷へ帰還し、再び300X年に戻る。【Ｋ】へ
25世紀～28世紀⇒幻想解明の研究所潰しの為に魔理沙が飛び回った時刻。（いついかなる時間においても、西暦300X年の時点で幻想郷が滅亡する歴史へと収束）（旧）
27世紀頃⇒日本の自然は幻想郷を除いて全て消えてなくなってしまう。替わりに人工光合成装置がフル稼働し、人類の生活を支えていた（旧）
28世紀頃⇒人口減少が進んで、日本の人口が2000万人に（旧）
【Ｇの歴史】⇒西暦280X年⇒柳研究所の研究チームにより、非常識や迷信を科学的に解明することに成功。幻想郷が滅びる大きなきっかけとなった。（旧）
【Ｇの歴史】⇒西暦280X年⇒外の世界の軍隊が幻想郷へ侵攻する。幻想郷に住む多くの妖怪達が団結して立ち向かったが、人類が生み出した幻想を解明する兵器には敵わず敗北。幻想郷は壊滅し、幻想郷があった土地には外の世界の人間が文明を築き、コンクリートジャングルが出来上がる。永琳と輝夜は地上に見切りをつけて月へ帰る。（旧）
【Ｊ～Ｋの歴史】西暦282X年⇒田中研究所による幻想の解明。同時に、蓬莱人全てが月に移住。（旧）
【Ｅ～Ｆ間の歴史】西暦293X年11月11日⇒八雲紫でも直せないほどに博麗大結界の綻びが広がり、幻想郷の維持が難しくなる。幻想郷崩壊へのカウントダウンが始まる。（旧）
【Ｅ】西暦300X年5月6日昼⇒魔理沙が偶然跳んできた時間は、妖怪が全て消滅し、人の住めない土地となってしまった幻想郷だった。慌てて博麗神社に向かった魔理沙は、八雲紫の姿を発見し、何が起きたか問い詰める。彼女は結界の解れが原因で、外の世界の常識が大量に雪崩れ込んだ為に幻想郷は崩壊したのだと話す。
そして紫に、この歴史を変えて欲しいと頼まれた魔理沙は、絶望の未来を変えるべく、結界の解れが発生したとされる西暦250X年5月27日に跳ぶ。【Ｆ】へ（旧）
【Ｇ】5月6日午後⇒結界を直して辿り着いた先は、幻想郷とは似ても似つかぬ、高度な科学文明の街並み。落下死しそうになったところを妹紅に助けられ、説明を聞く。
紫が遺したメッセージと、妹紅の説明を聞き、外の世界の研究所による幻想の解明を防ぐことが幻想郷の存続に繋がる、と判断した魔理沙は、妹紅を連れて再び西暦250X年5月27日午後4時5分へと遡るが、その際にアクシデントが起こり、魔理沙は気絶する。【Ｈ】へ （旧）
【Ｋ】5月7日昼⇒未来に行った先も歴史変わらず。今度は田中研究所が柳研究所と同じように幻想を解明してしまった。今度こそ歴史を変えようと、田中研究所を壊滅させるために、再び西暦250X年5月29日へと遡る。（旧）
同日午後3時⇒何度滅ぼしても別の研究所が幻想を解明する歴史の流れが変わらず、いたちごっこに疲れた魔理沙達。（失敗は11回）別の原因がある筈だと図書館で歴史を調べ、月の都が怪しいと踏んだ魔理沙達は、西暦200X年の月の都へ行く事を決意する。
ところが肝心の移動手段がない事に気づき、困っていたが、魔理沙はにとりの『既に例の物は完成している』発言を思い出し、西暦215X年9月18日午後9時に逆戻りする。【Ｌ】へ （旧）
【Ｒ】5月7日正午～5月8日午前10時頃⇒今度は地球が無くなってしまった。綿月姉妹曰く、原因は宇宙人に滅ぼされたことで、地球が存続する為には、アンナの歴史と、ボイジャー1号の歴史を変える必要があることを知る。
早速取り掛かろうとした魔理沙だったが、今の宇宙飛行機の性能では足りない事を知り、宇宙飛行機の改良の為ににとりを置いて、魔理沙と妹紅は1ヶ月先に跳ぶ。
6月8日正午過ぎ⇒宇宙飛行機の改良は済んでいた。さらにここで、アンナが魔理沙のいる時代までコールドスリープしようとしていたことが判明。それらの謎を解くためにも、まずはボイジャー1号を破壊するために、西暦2025年6月30日15時33分【協定世界時】へ向かう。【Ｓ】へ（旧）
【Ｕ】6月9日午後0時15分⇒地球が無事に存続する歴史に改変し、更に幻想郷（海が誕生した）もしっかりと存続していて、博麗神社で再会した紫は感極まって魔理沙に抱き着いた。
その後落ち着いた紫と、2つの記憶を持った妹紅、傍観者だった輝夜、綿月姉妹から新たに変化した歴史の説明を受ける。人類は宇宙を開拓し、地球の人口が減ったことで幻想郷は目立たなくなり、住みやすい世界になった。
地球と幻想郷滅亡の予兆が無くなったことを確信した魔理沙は安心し、にとりと共に元の時代（西暦215X年9月20日午後5時）へと帰ることにした。途中、時の回廊で咲夜に労いの言葉を掛けられる【Ｖ】へ
同時刻の別視点で、紫達が魔理沙達がいないのは、歴史が変わる前兆なのでは無いか、という話をしてる間に歴史改変が起こり、魔理沙が居る歴史へ変貌する。
時の回廊の出来事
2度目（魔理沙が初めて妹紅を連れて西暦250X年に時間移動した時）⇒魔理沙の無意識化の出来事で、彼女自身は感知せず。妹紅と一緒に過去へ遡ったことにより、新たな可能性が生まれたことを暗示する。
3度目（初めて宇宙飛行機に乗りながら時間移動した時） ⇒時の回廊の真の姿が開かれる予兆のような話。ここで時の女神初登場。
4度目【Ｏ】の続き。（39億年前から初めて200X年に戻る時）⇒世界に絶望していた魔理沙に時の女神咲夜が登場し、魔理沙に時間の真実を伝える。並行世界ではなく、歴史が上書きされていたと知った魔理沙の心は晴れ、歴史改変に前向きな気持ちになることが出来た。そして時間の辻褄（宇宙飛行機の設計図入手の因果）を合わせるために、200X年から急遽215X年9月19日に進路変更。
5度目【Ｔ～Ｕ】の間。（地球存続の条件を立てた時）時間移動の途中、時の回廊において、歴史改変の影響による因果の消失で存在が統合しようとしている妹紅に、これまでの感謝の気持ちと別れを告げる。
6度目【Ｕ～Ｖ】の間（未来の幻想郷と地球を救う目的を達成した時）時の女神は今後の魔理沙の行動を予知するような発言をし、魔理沙のことを大いに労った。