ピースミリオンは遺憾なくその実力を発揮している。無数のビームで敵のMSを撃ち落とし、陽電子砲で敵を圧倒する。更に人間では有り得ない機動を扱うゴーストで死角や射程外のMSを殲滅する。ZAFTにはピースミリオンを止めるすべはない。当初は一番無防備に見えたピースミリオンだったが蓋を開いてみれば最凶だった。所詮人間の反応能力しか持たないキラはゴーストに押されっぱなしだった。この状況でミーティアなど装備してたら間違いなく瞬殺だ。このままでは３０分も持たないだろう。なおロイは出撃していません。
レクイエムは既に破壊されている。ダイダロスは防衛兵器があるという事で機動兵器は若干少ない。それが致命的だった。ギナが絶好調で暴れまわってます。どうせ基地は要らないからラー・カイラムとマゼラン改で砲撃しまくってます。ついでにヴァル・ヴァロが月面で直接攻撃している。更にソキウスがVF２７を使って攻撃する。やはり過剰戦力であった。
それでもメサイアのZAFTの状況が最悪だ。後方のステラがソーラーシステムを展開し、開戦早々にネオ・ジェネシスと陽電子リフレクターを破壊した。そしてミナによるビームの嵐が始まる。近づく敵は全てバラバラになる。時々バスターライフルで攻撃するので艦船も厄災を免れない。デュランダルはここにインパルス、セイバー、デスティニー、レジェンドを投入するもアマテラスとハウメアもいるので対抗できない。ハウメアは敵艦隊内部に潜入し、一気に改造ドラグーンで破壊する。アマテラスは最高の火力でどんどん撃つ、更に光圧推進で移動するので捉えられない。あとはウイングガンダムゼロカスタムだが、あれは味方でも近づきたくない。レイがミナに挑むがドラグーンをすべて潰され、機体も修理不可能な損傷を受け、直ぐにメサイアに不時着した。ブラストインパルスとセイバーの火力＋機動力のコンボでミナを止めようとするが意味がなかった。ファンネルの前ではセイバー如きの機動力ではどうにも成らない、ブラストインパルスは機動力が更に低いので頻繁に被弾していて何度もシルエットを交換した。デスティニーはアマテラスの相手をしようとするが機体性能差で追いつかない。ハウメアはフリーにされて着実に戦果を上げている。ここでもヴァル・ヴァロはひどい事をしていた。フィールド展開してひたすら敵MSに突っ込む。TPSと陽電子リフレクターがあってはどんな攻撃も効かない。艦船にはその火力で攻撃する。パーフェクトだ。
ソーラーシステムによって防衛機能を失ったメサイアが最初に落ちた。外の艦船やMSは敗退し、ネオ・オーブ軍がメサイアに侵入、データを根こそぎ貰っていく。内部も撤退が完了していて、デュランダル、レイ、タリアの三人しか残っていなかった。デュランダルは司令室に敵が突入したのを見て自爆しようとしたが、ミナからロイの伝言「レイを治すからお前は捕まれ」を聞いて踏み止まる。自分はどうあがいても終わりなのでせめてレイには明るい未来を残したかったのだろう。デュランダル、レイ、タリアの三人は捕まった。
メサイア陥落とともにZAFTは撤退を開始した。ネオ・オーブ軍は追撃する。ゴンドワナ級は陽電子砲に撃沈された。アークエンジェル組は何も出来ないままでいた。ドムでは相手に成らないし、キラも翻弄されている。ドムを次々と失い、撤退を余儀なくされた。
アスラン・ザラはアークエンジェルに逃げた。奇跡的にミネルバのMSパイロットは死者なし。この戦闘でZAFT宇宙軍も壊滅。メサイアとダイダロスはネオ・オーブ軍が撤退後に自爆させ、ゴンドワナ級も無くなった。議長が囚われたのでプラントは混乱を極めた。アークエンジェル組はドム全てを失い、ヒルダ、マーズ、ヘルベルトと何故か出撃したバルトフェルドが戦死、エターナルは二つのミーティアを失うも何とか帰還（見逃した）。アークエンジェルはビーム兵器しか使わないこの部隊と相性が良かったので大破で艦の最重要部はなんとか守れた。しかしマードックが戦死。彼らは何故かZAFTと一緒にプラントへ帰る。
連合はネオ・オーブと終戦条約を結んだ。連合は多くの資源採掘権を譲渡する事になり、ネオ・オーブの影響は更に増す。残りのロゴス幹部はどうしてもネオ・オーブに残りたいと言うのでサハク財閥に入る。ロイはかなり嫌がったがロゴス幹部も必死だ。誰もあんな国には帰りたくなかった。最終的に彼らはサハクに多大な財産と利権を渡し、サハクに雇われた。能力的には優秀なので脅して裏切らないようにした。サハクの大々的な参入もあって、連合の経済は回復を始める。これはチャンスとばかりにスカンジナビア王国と赤道連合も参加する。今後連合政府は長い間PUの支配下にあるだろう。
プラントはアーモリー市を失ったが経済的にはまだ致命的では無かった。しかし戦争で消えていった若者は多く、備蓄食料も少ない。議長が囚われた事により政治混乱も発生する。連合とは別の意味でピンチだった。そしてこの時に大洋州連合が裏で動き出す。