ヘブンズベースの連合は頑張っていた。対空掃討砲ニーベルングでZAFT降下部隊を消滅させ、多数のデストロイと新型MAユークリッドを投入する。史実ではシンがぶち切れてデストロイを壊滅に追いやったが今はそうはいかない。デスティニーはパイロット問題で十全に力を発揮できず、またアスラン・ザラも連合よりも色々大変なアークエンジェルの方が気になる。そしてロイが極秘裏に旧式のローエングリンをジブリールに売却したのも一つの原因だ。兵力では対ロゴス同盟軍が圧倒しているが地球連合最高司令部だけあって防御力は高い。しかしこのままでも物量の差で対ロゴス同盟軍が勝つだろう。
一方、ロイはこの間に旧オーブ市の基地を更に強化する。そして数カ月後に実施する作戦を赤道連合とスカンジナビア王国に提案し、両国は国益ありと見て了承。穏健派もリスク以上の莫大な利益があり、何より大義名分があったので反対できなかった。
ヘブンズベースは二週間で落ちたがロゴス幹部は全員ロイの条件を飲み込み、旧オーブ市に逃げ込んだ。ロイの出した条件は財産の半分とユーラシア連合の大多数の利権だが命には替えられない。デュランダルの謀略により同盟軍の元連合の部隊を前面に押し出したので損害は比較的に少ない、それでも史実より多いが。
ジブラルタルにて。
「これでまた世界は平和に近づいた。（シンが居なかったせいで損害が半端ねえ）」
「はい、議長。連合最高司令部が落ちたことによって、他のロゴス軍も動きを制限される筈です」
「それに我が軍の損害は少ない（アスラン使えね〜）」
「ロゴス幹部は逃げられましたが只今全力を持って捜索しています」
「どこに逃げても平和を求める力には勝てないのだよ（最近胃薬の回数もへってきたな）」
「仰る通りです、あ！幹部の居場所が分かったようです！」
「ほう？（運が向いてきたか？）」
「旧オーブ市です」
「（なんでだぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁ？！）………………そうか」
通常、第三国に逃げた者を追ってその国に戦争を仕掛けるのは有り得ないが、デュランダルがこのチャンスを掴まないと将来必然的に連合に潰される。ロゴスを攻撃できないとなると同盟は即座に破棄されるであろう、人口問題を抱えたプラントが連合と戦い続けると勝ち目はない。しかしサハクの実力を他人よりよく知っているデュランダルにPU、特にネオ・オーブを攻撃するなど恐れ多い決断など猛烈に下したくない。順調に勝ってきたのに一瞬で窮地に陥った。かなり哀れだった。最終的に一縷の望みを賭けてネオ・オーブへ攻撃する事を決定した。デュランダルは大義名分も有るから内部分裂させるなど非正規戦争で挑もうとした。
SIDE 赤道連合
「総司令、これが政府から送られてきた作戦です」
「ふむ……………………哀れな」
「は？政治家どもがですか？」
「いや、ZAFTだ。この作戦の立案者はあのロイ・サハクだ」
「なんですと！？」
「それにほぼ損害を出さずに実行できる。前のネオ・オーブの輸出品もこれのためであろう」
「しかし、それでは我が国は…」
「簡単にしか記されてないがわしでも分かるほどの莫大な利益がある、ネオ・オーブの思惑に乗ってやってもいいだろう」
「はあ、そんなに大きんですか、その利益って物が」
「ああ、詳しくは言えんが赤道連合が半世紀頑張っても手に入らん物だ」
「そんなに！？」
「それに今ネオ・オーブの不興をかってもいい事ないだろう？」
「確かに生産権はもらってますがMSは彼らの提供でしたね」
「恩返しには丁度いい」
SIDE OUT
反ロゴス同盟軍は旧オーブ市に近づいてる。指揮はネオ・オーブから呼んだ者に任せてロイとステラは出撃する。マリア、メイリンなどは避難している。ラー・カイラムはミナ、シン、劾などを乗せて作戦に参加するのでコロニーから出発した。以降、ギナが二番艦を使って宇宙の防衛を担当する。
フリーダムとアカツキはマッド達に容赦なく改造された。ピンポイントバリア、アクティブステルス、ハイパーデュートリオン、光圧推進、VPS、フェイルセーフ機構などなど。自重を忘れた者達が敵味方区別なく最高の技術を使って改造した。初期はパイロットが見つかるか？とか考えたらしいがシンと劾が配属になった事で解決した。二人共トップエースである。
そして反ロゴス連合軍がオノゴロ島に着いた。赤道連合からはやや遅れて増援艦隊が出撃する。
アマテラス（元フリーダム）
パイロット：シン・アスカ
説明：世界中の最新技術をコスト無視で使っている。見た目は元のフリーダムとデスティニーを足して割った感じ。総合性能はストライクフリーダムより高い。高機動力、大火力、大型近接武装を持ちハデな戦い方をするMSである。
光圧推進システム：ヴォワチュール・リュミエールの応用、後部のウイングユニットを使って高速移動する。なおウイングユニットはヤタノカガミを装甲にしている。
ミラージュコロイド：ステルス機能と幻影機能。デスティニーよりコロイド粒子の放出範囲が断然広いのでその気になれば一個中隊のアマテラスが襲ってくるような幻影が見せられる。
ピンポイントバリア：重要機関を保護するためにバリアを展開する。
複合フィールド発生装置：機体を包む陽電子リフレクトフィールドとビームフィールドを同時発生させることが出来る。実弾もビームも怖くない。
VPS：近接戦闘用です。
武装：
近接防御ビームバルカン＊２：頭に付いてる小さな奴です。
アロンダイトビームソード：別名「対艦刀」。
高エネルギー長射程ビーム砲＊２：背部ウイング内に装備しており。使うときは肩から発射する。
クスィフィアス3レール砲＊２：腰のあれ。
胸部スーパースキュラ：大出力のビーム砲です。
ビームライフル＊２
ハウメア（アカツキ）
パイロット：叢雲劾
説明：世界中の最新技術をコスト無視で使っている。見た目は元のアカツキとアマツを足して割った感じ。もちろん総合性能はストライクフリーダムより高い。高機動力、多砲門、高ステルス性で基本的に技で勝負する。
光圧推進システム：ヴォワチュール・リュミエールの応用、マガノイクタチが後ろ斜め上に向かい下に向けて光の羽を発生させる。マガノイクタチは攻撃機能が無くなった。。
ミラージュコロイド：ステルス機能と幻影機能。
アクティブステルス：ミラージュコロイドと併用するとハンパないステルス性を発揮する。
ピンポイントバリア：重要機関を保護するためにバリアを展開する。
複合フィールド発生装置：機体を包む陽電子リフレクトフィールドとビームフィールドを同時発生させることが出来る。実弾もビームも怖くない。
VPS：近接戦闘用です。
武装：
近接防御ビームバルカン＊２：頭に付いてる小さな奴です。
ビームライフル＊２
双刀型ビームサーベル
ビームサーベル＊２
改造ドラグーン＊３２：機体のあちこちにドラグーンを固定しビーム砲として使用する。ドラグーンに推進剤が不要になったことにより使用時間が通常ドラグーンより遥かに長い。
ウイングガンダムゼロカスタム
パイロット：ロンド・ミナ・サハク
説明：総合的に性能をアップした。
IFF：脳でファンネル操作する為に搭載した。
Wファンネル：ファンネルで構成された翼を装備。全部で１２８機有り、IFFを使っても全部操作出来ない。
ゼロシステムVer.5.３：Wファンネル操作補助の為に人工知能を追加した。話したりはしません。