伝説のポケモントレーナのレッドと相棒のミュウはある日、ギラティナが黒ルギアの襲撃を受けているところに遭遇する。ギラティナとミュウとレッドは黒ルギアを撃退するが、ギラティナが司るやぶれた世界の向こう側の別世界へと跳んでしまう。そこはポケモンは存在せず、代わりに『深海棲艦』と呼ばれる敵と『艦娘』と呼ばれる兵器が戦う世界だった！
とにかく何とか元の世界へと戻ろうと焦るレッドに大本営の庄城戸（しょうきど）元帥が言った。「私はオーキドの兄でマサラタウン出身だ」と。
オーキド博士の兄がなぜ異世界にいるのか、なぜ元帥をしているのか、なぜ黒ルギアはギラティナを襲ったのかそれを調べていくと8年前レッドが壊滅させた組織の名前とレッドが生まれる前の16年前に起きた「ミュウのこども」事件が異世界を混乱させていたことを知る。
ポケモンFR＆LGと艦これのクロスオーバーです。
とにかく何とか元の世界へと戻ろうと焦るレッドに大本営の庄城戸（しょうきど）元帥が言った。「私はオーキドの兄でマサラタウン出身だ」と。
オーキド博士の兄がなぜ異世界にいるのか、なぜ元帥をしているのか、なぜ黒ルギアはギラティナを襲ったのかそれを調べていくと8年前レッドが壊滅させた組織の名前とレッドが生まれる前の16年前に起きた「ミュウのこども」事件が異世界を混乱させていたことを知る。
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