ネタバレを多分に含んでいるのでネタバレを嫌う人は読まれないことを推奨します。
※第７話の事件まで記入済み
【聖杯戦争】
本編開始の２０年前に日本の地方都市である冬木市で起こった大規模な魔術儀式。
遠坂凛（後の衛宮凛）が召喚したサーヴァントの暗躍により、サーヴァント同士の戦闘がほとんど発生せず、終戦直前にキャスターによって聖杯戦争の舞台装置である大聖杯が解体され、犠牲者が無しという異例の形で終結を迎え、２００年の歴史に幕を下ろした。
関わった主要キャラクター
シン・アスカ、アルトリア・ペンドラゴン
【アインツベルン滅亡】
本編開始の１３年前にドイツで起こった事件。
元々アインツベルン家は世界の理に反するホムンクルスの製造や大聖杯の建造で前々から“抑止力”と呼ばれる存在に目をつけられており、アインツベルンがルーマニアで新たな大聖杯を建造しようとしたことで超えてはならない一線を越えてしまい、守護者として召喚されたシンによって壊滅した。
この時に個室で軟禁されていたアインツベルンの最高傑作であるラウスフィール・フォン・アインツベルンは個室に居たために戦闘に巻き込まれずに済んだため生き残り、衛宮夫婦とマキリ・ゾヴォルゲンに保護された。
尚、このラウスフィール・フォン・アインツベルンこそ本作のラウラ・ボーデヴィッヒであり、今のラウラの名前はアインツベルンの殲滅を終えて士郎達と合流したシンがラウラに与えた名前である。
関わった主要キャラクター
シン・アスカ、ラウスフィール・フォン・アインツベルン（ラウラ・ボーデヴィッヒ）
【白騎士事件】
本編開始の１０年前に起こった事。
世界各地にあるミサイル基地から計２３４２発のミサイルが日本に殺到し、独断で白騎士を動かした織斑千冬と士郎を隊長とする戦闘機３機で迎撃を行った。
結果、２３４１発のミサイルを迎撃する事が出来たが討ち漏らした１発が真優と凛が住んでいた屋敷に直撃し、真優を庇った凛は命を落とした。
また、白騎士を鹵獲しようとした世界各国の空軍の攻撃から千冬を庇った士郎も殉職した。
尚、ＩＳ委員会から出されている資料では白騎士一騎でミサイルを迎撃したことになっており、犠牲者は０とされ、千冬を庇って殉職した士郎は行方不明扱いにされ、真優を庇って命を落とした凛は欠陥建築による倒壊で死亡したことにされてしまった。
非常に多くの謎を残した事件であり、この事件を調べようとした者は多数いたがその全てがこの世を去っており、より謎を深めている。
関わった主要キャラクター
衛宮真優、織斑千冬、篠ノ之束
【幻想郷崩壊】
本編開始直後に起こった出来事。
幻想郷の要であった結界がとある呪いで破壊され、空の裂け目から流れ出した“泥”によって幻想郷に存在していたありとあらゆる存在を呑みこまれ、幻想郷という世界は滅亡した。
チルノは語っていないがチルノも羽にこの泥を浴びてしまったため羽が溶かされてしまっているため、今のチルノには羽が無い。
関わった主要キャラクター
チルノ
【専用機強奪未遂事件】
本編第１話に起こった事件。
ＩＳの研究所を彷徨っていた真優と箒がイギリスの国家代表の専用機を強奪しようとしたテロリストと遭遇、真優と箒は逃走するが追いつかれて命の危機に陥るが、土壇場でシンとアルトリアの召喚に成功し、シンによってテロリストを無効化され、シンとアルトリアによってテロリストは引き渡されている。
事件後は篠ノ之束との交渉材料として真優と箒は拘束されそうになるがシンとアルトリアと篠ノ之束の介入によって事なきを得た。
ただし、事情聴取やその他政治的な問題で３ヶ月ほどセシリアの邸宅で滞在する事になった。
関わった主要キャラクター
衛宮真優、篠ノ之箒、シン・アスカ、アルトリア・ペンドラゴン、セシリアオルコット
【男性ＩＳ操縦者発見】
原作で一夏がＩＳを起動させてしまった出来事。
世界で発見されていなかった男性ＩＳ操縦者が発見されたことにより世界を困惑させ、ほぼ同じ時間帯に二人目の男性操縦者であるシャルルもストライクの起動させていた。
世界中のＩＳ研究者達は一夏とシャルルの確保に躍起になっていたが片や世界最強のブリュンヒルデ、片や大企業の御曹司であるために下手に手を出せていない。
その結果世界中のＩＳ研究者は誰もマークされていないて３人目の男性操縦者を躍起になって探しているが未だに一人も見つかっていない。
尚、３人目の男性ＩＳ操縦者自体はＩＳ学園にいるのだが一部を除いてその存在を認知していない。
関わった主要キャラクター
織斑一夏、シャルル・デュノア、シン・アスカ（ただしその存在を知っているのは極一部）
【第一次アンノウン襲来事件『表』】
クラス対抗戦の第一試合中のＩＳ学園に所属不明、正体不明の兵器が襲撃してきた事件。
試合をしていた一夏と鈴音はアンノウンと交戦するも彼らの常識を遥かに超えたアンノウンの兵装により殺害されかけるが途中で乱入したアルトリアの一撃により生還し、更に乱入してきた真優がアルトリアとの連携でアンノウンに大ダメージを与え、最後に乱入した箒とセシリアによってアンノウンは撃破された。
その後、残骸となったアンノウンはＩＳ学園に回収されるが既にデータは消滅し、ただの鉄屑になっていたため、碌なデータが取れなかった。
尚、この事件には緘口令が出されており、知っているのは現場にいた者達だけである。
関わった主要キャラクター
衛宮真優、アルトリア・ペンドラゴン、篠ノ之箒、織斑一夏、セシリア・オルコット、鳳鈴音、篠ノ之束
【第一次アンノウン襲来事件『裏』】
第１アリーナでＩＳ学園の生徒達がアンノウンと交戦していた裏で起こっていた事件。
３年前に奪われたイタリアのＩＳと３０機の正体不明のＩＳがＩＳ学園に襲来しかけていたがＩＳ学園の外で警戒をしていたシンの手によって全て撃破された。
この時のテロリストはシンとの戦闘で死亡し、鹵獲した正体不明のＩＳも無人機であり、更には碌なデータが無かった（戦闘機動のＯＳのみ）ためにこのＩＳを製造した場所が判明しなかった。
なお、この事件を知っているのは当事者であるシンとシンを追っていた楯無の一派のみである。
関わった主要キャラクター
シン・アスカ、更識楯無